Une perspective sur la maladie invasive de la salmonellose en Afrique

Salmonellaenterica est l’une des principales causes d’infection sanguine communautaire en Afrique La contribution des sérovars de Salmonella typhoïdaux et non-typhoïdiques aux maladies invasives varie considérablement selon le lieu et le moment, même au sein du même pays Néanmoins, de nombreux pays africains sont maintenant touchés par la fièvre typhoïde ; par an et environ% de patients mourants La salmonellose invasive non-salmonelleuse a été estimée comme causant des millions de maladies et de décès, avec le plus de maladies en Afrique La résistance aux antimicrobiens est un problème croissant de S enterica qui menace de compromettre davantage les résultats des patients. Les salmonelles et les voies de transmission prédominantes de la salmonelle typhoïde et non-hyphoïdale ne sont pas bien comprises en Afrique, ce qui entrave la conception de mesures de prévention fondées sur des preuves et non vaccinées. Il est difficile de distinguer la maladie de Salmonella cliniquement invasive des maladies fébriles provoquées. par d’autres pathogènes Les hémocultures sont le pilier du diagnostic de laboratoire, mais manquent de sensibilité en raison de la faible ampleur des bactériémies, ne produisent pas de résultats au point de traitement et ne sont pas largement disponibles en Afrique. Les approches sérologiques restent inexactes et l’amplification des acides nucléiques les tests sont également compromis par faible conc Entrées de bactéries Le séquençage à haut débit du génome entier, associé à une série de nouveaux pipelines analytiques, a fourni de nouvelles informations sur le schéma complexe de l’épidémiologie, de la pathogenèse et de l’adaptation hôte. Des efforts concertés sont donc nécessaires pour appliquer ces nouveaux outils informations communes. surveillance de haute qualité sur le terrain pour améliorer le diagnostic, la gestion des patients, le contrôle et la prévention des infections invasives à Salmonella en Afrique

fièvre typhoïde, Salmonella, Afrique subsaharienne, paludisme, infection sanguineSalmonella enterica est l’une des principales causes des infections sanguines communautaires en Afrique et en Asie Salmonella enterica sérovars Typhi, Paratyphi A, Paratyphi B et Paratyphi C peuvent être référés Les souches de Salmonella typhoïdales sont des organismes humains restreints à l’hôte qui causent la fièvre typhoïde et la fièvre paratyphoïde. Ces souches, communément appelées souches de la fièvre entérique, peuvent être des hôtes généralistes, infectant ou colonisant un large éventail de souches. gamme d’animaux vertébrés, ou peut être adapté ou restreint à des espèces animales non humaines particulières

CONTEXTE HISTORIQUE

Depuis l’utilisation précoce des hémocultures en Afrique, les infections invasives à S. enterica semblent avoir été fréquentes Cependant, la distribution et l’utilisation limitées des services d’hémoculture dans de nombreux pays africains ont empêché le développement d’une image claire des schémas pathologiques [ Sur l’ensemble du continent, l’absence de progrès soutenus dans l’accès à des installations améliorées d’eau et d’assainissement , combinée à une urbanisation rapide et non planifiée, crée les conditions favorables à la transmission de la fièvre typhoïde Des estimations récentes suggèrent que l’incidence de la fièvre typhoïde et les épidémies pourraient avoir augmenté en Afrique au cours de la dernière décennie. De grandes populations d’adultes et d’enfants immunodéprimés semblent avoir favorisé l’émergence de la maladie invasive non salmonelleuse Salmonella iNTS Maladie bactérienne dans de nombreux pays d’Afrique subsaharienne Les facteurs de l’hôte semblent être des facteurs importants de risque de maladie à STNI Une association entre le paludisme et les infections invasives à Salmonella a été suggérée dans et confirmée dans Aujourd’hui, le paludisme et la malnutrition chez les nourrissons et les enfants et le virus de l’immunodéficience humaine chez les adultes sont systématiquement identifiés comme des facteurs de risque importants. disproportionnellement plus répandu dans les pays africains par rapport aux autres régions Très préoccupante, la résistance aux antimicrobiens des souches iNTS en Afrique augmente à la fois la prévalence et le nombre de classes d’antibiotiques compromises, y compris les céphalosporines à spectre étendu , menaçant les schémas maladie fébrile et septicémie

FARDEAU DE LA MALADIE

On a estimé que l’incidence de Salmonella Typhi en Afrique était des maladies par personne et par an avec un taux de létalité de% Cependant, cette estimation était basée sur des données sources très limitées provenant des groupes témoins d’essais en Egypte et en Afrique du Sud. une décennie ou plus Depuis lors, un certain nombre de nouvelles études sur l’incidence de la typhoïde ont été publiées dans d’autres pays africains. Ces données ont contribué à une estimation de la charge typhoïde qui suggère que l’Afrique sub-saharienne connaît actuellement une incidence de fièvre typhoïde. par personne et par an, avec décès,% des décès dus à la typhoïde au niveau mondial, survenant en Afrique MDR multirésistante Les souches de Salmonella Typhi de l’haplotype H qui proviennent probablement d’Asie se propagent actuellement sur le continent , ce qui devrait annoncer risque de décès lorsque des antimicrobiens inefficaces sont utilisés Le fardeau mondial de la maladie iNTS a été estimé pour la première fois pour l’année Sur le million de cas et de décès dus à la maladie INNS dans le monde, la majorité d’entre eux seraient présents en Afrique. les nourrissons et les jeunes enfants vivant dans des zones à forte intensité de transmission du paludisme ou souffrant de malnutrition aiguë sévère et de jeunes adultes séropositifs sont particulièrement exposés à cette maladie . Cependant, malgré les diminutions du paludisme , la maladie peut persister en raison des comorbidités Chez de nombreux patients, le taux de létalité de la maladie de type iNTS semble être supérieur d’un ordre de grandeur à celui de la fièvre typhoïde, ce qui en fait l’une des maladies infectieuses les plus meurtrières sur le continentLes estimations de la charge de morbidité future seront affinées à mesure que d’autres études sur la population rapporteront l’incidence des infections invasives à Salmonella. Certaines de ces études sont publiées dans ce supplément et d’autres sont attendues prochainement, notamment une étude multipays sur l’incidence de la fièvre typhoïde en Afrique. Cependant, en plus d’affiner les estimations de l’incidence, une meilleure compréhension de l’incapacité et des décès, en particulier à l’extérieur de l’hôpital, est nécessaire pour éclairer les décisions d’investissement en matière de prévention et de contrôle

ÉPIDÉMIOLOGIE

Bien que S enterica semble être une cause majeure d’infections de la circulation sanguine dans la plupart des régions d’Afrique où l’épidémiologie de la bactériémie a été étudiée , les contributions relatives des sérovars typhoïdaux et non-typhoïdiques varient à la fois Les humains sont à l’origine de Salmonella Typhi dans le monde entier, et la transmission se fait généralement par voie hydrique et alimentaire. Cependant, il y a eu peu d’études épidémiologiques. La souche prédominante de NTS causant une maladie invasive en Afrique, Salmonella Typhimurium ST, semble montrer des caractéristiques génomiques de l’adaptation différentielle de l’hôte et de l’évolution convergente avec Salmonella Typhi, ce qui augmente le risque de transmission de la fièvre typhoïde en Afrique. possibilité que les humains peuvent être une source importante d’infection pour cette Souche ST Cependant, les voies de transmission prédominantes de NTS en Afrique restent à définir. Salmonella Paratyphi A, B, et C ont jusqu’à présent été des causes rares de bactériémie en Afrique , mais cela doit être surveillé de près. la recherche épidémiologique sur le terrain est nécessaire pour affiner les approches vaccinales et non vaccinales pour la prévention et le contrôle de la maladie invasive de Salmonella en Afrique

LES DÉFIS DU DOGMA ÉTABLI

Pendant de nombreuses années, les hypothèses concernant l’épidémiologie, la pathogenèse et les manifestations cliniques de la fièvre typhoïde et de la maladie iNTS en Afrique subsaharienne ont été extrapolées à partir d’expériences ailleurs dans le monde. En ce qui concerne la fièvre typhoïde, est faible; cette maladie survient principalement chez les enfants plus âgés et les adultes; que la résistance aux médicaments, même si elle exerce une pression sur les ressources, a peu d’effet sur l’épidémiologie; et que Salmonella Typhi au sein des ménages est due à une source commune plutôt qu’à de multiples sources De même, il est communément admis que les porteurs chroniques constituent le principal réservoir d’infection de la population par rapport au SNRC. est la diarrhée le plus souvent auto-limitée; que les animaux constituent le réservoir des sérotypes communs de Salmonella Typhimurium et de Salmonella Enteritidis; que la transmission de NTS provient principalement d’aliments et d’eau contaminés par les animaux; Cependant, au cours des dernières années, de nouvelles preuves ont émergé qui ont remis en question bon nombre de ces concepts. Ce qui a fait la différence a été la mise en place d’une surveillance à long terme en laboratoire au laboratoire. plusieurs sites africains, une description clinique soigneuse des patients atteints de la maladie iNTS, et la capacité de séquençage du génome entier à grande échelle WGS Ce supplément présentera certains des aspects clés de ces nouvelles données

APERÇU DE LA GÉNÉTIQUE BACTÉRIENNE

L’avènement du WGS à haut débit associé à une série de nouveaux pipelines analytiques a montré comment le modèle complexe d’épidémiologie et d’adaptation de l’hôte parmi les différents sérovars de Salmonella est reflété dans le génome Le génome de Salmonella Typhi a été signalé pour la première fois Ensuite, plusieurs sérotypes de Salmonella et plusieurs milliers de souches de Salmonella ont été séquencés. En ce qui concerne Salmonella Typhi, nous avons appris que, en plus d’être limité à un hôte humain, ce sérovar possède un répertoire génétique restreint avec une inactivation considérable des gènes. Des formes de pseudogènes et de délétions ont également été observées chez Salmonella Typhimurium, un des sérovars les plus communs de Salmonella associé à la maladie iNTS en Afrique En effet, ces souches invasives proviennent en grande partie d’une seule séquence multilocus. gènes domestiques, Salmonella Typhimurium ST, dans lesquels certains des gènes affectés sont liés à p La convergence entre Salmonella Typhimurium ST et Salmonella Typhi soulève la possibilité que ST s’est adapté pour occuper une niche unique en Afrique avec une gamme d’hôtes différente En fournissant une résolution beaucoup plus grande de la phylogénie MLST et facilitant la reconstruction de l’histoire évolutive en utilisant des algorithmes bayésiens, WGS a également révélé des voies et mécanismes putatifs de propagation de Salmonella Typhi et Salmonella Typhimurium à travers le continent africain [,,], et la localisation de transposons codant pour la multirésistance dans les plasmides. certaines souches se sont fixées dans le chromosome D’autres analyses moléculaires de souches MDR émergentes de Salmonella Typhi, de souches invasives et intestinales de Salmonella Typhimurium et d’autres sérovars pathogènes invasifs communs en Afrique comme Salmonella Enteritidis et Salmonella Dublin sont actuellement en cours. épidémiologie appropriée Dans ce contexte ogique, il est à espérer que ces études aideront à percer les mystères des réservoirs de maladies et des modes de transmission, et aideront à prédire l’émergence de la résistance aux antimicrobiens.

COMPRENDRE LA PATHOGENÈSE

En Afrique, les souches NTS semblent différentes de celles qui causent les maladies diarrhéiques dans les pays industrialisés, car elles provoquent plus souvent des maladies invasives bactériémiques. Hôtes immunodéprimés, y compris les jeunes enfants mal nourris, infectés par le VIH ou atteints d’anémie associée au paludisme. infection à VIH avancée, sont particulièrement à risque de développer une maladie INSN On sait peu de choses sur la pathogenèse du SNT dans ces populations On pense que la muqueuse intestinale et l’invasion sanguine subséquente résultent de déficiences dans la surveillance immunitaire, au niveau de la Nous savons que le SNRC envahit la moelle osseuse, ce qui peut constituer un site sanctuaire. Cependant, les mécanismes de dissémination systémique, les réservoirs de transport, le contrôle de la rechute et les mécanismes de transmission n’ont pas été bien étudiés. d’autres expériences basées sur les études récentes démontrant une maladie grave dans les infections animales par Salmonella Ty Phimurium ST aidera à résoudre certaines de ces complexités En revanche, les mécanismes sous-jacents de la maladie systémique typhoïde, en particulier la capacité de Salmonella Typhi à éviter l’inflammation et à translocation vers des sites sanctuaires, sont mieux compris. La toxine de type AB qui se lie à des glycoprotéines spécifiques de cellules hôtes humaines et provoque la fièvre typhoïde dans des modèles animaux, peut fournir une explication fonctionnelle pour la restriction de l’hôte et les manifestations cliniques de la maladie. Il est toutefois difficile de déterminer pourquoi l’immunodépression due au VIH et à la malnutrition, par exemple, ne semble pas être un facteur de risque de maladie invasive de Salmonella Typhi en Afrique. les études génétiques bactériennes discutées précédemment, une étude plus approfondie de cette par adox et l’interaction de Salmonella avec le système immunitaire de l’intestin humain nous aidera à mieux comprendre les différences dans la biologie des sérotypes de Salmonella Typhi vs NTS

LES DÉFIS DU DIAGNOSTIC

Les infections invasives à Salmonella se présentent le plus souvent comme une maladie fébrile difficile à distinguer cliniquement des autres maladies fébriles y compris le paludisme La culture hématologique reste la norme pour le diagnostic, mais, comme d’autres méthodes culturales, n’est pas largement disponible dans de nombreux pays africains La culture de la moelle osseuse est plus sensible au diagnostic de la fièvre typhoïde, mais elle est moins pratique que l’hémoculture. L’importance médiane de la bactériémie dans l’infection sanguine par Salmonella est de & lt; unité formant une colonie / mL , contribuant à la sensibilité relativement faible de l’hémoculture et entravant également les approches moléculaires du diagnostic La faible ampleur de la bactériémie peut être compensée, au moins en partie, par l’inoculation Extraction de volumes plus importants pour l’amplification des acides nucléiques Les approches sérologiques du diagnostic, allant du test d’agglutination Widal aux tests immuno-enzymatiques et au diagnostic au point de service , présentent des défauts de sensibilité, de spécificité ou les deux qui empêchent leur utilisation pour la gestion individuelle des patients Des progrès sont nécessaires pour rendre les diagnostics basés sur la culture plus largement disponibles dans les hôpitaux de district en Afrique , tout en progressant dans la mise au point de tests diagnostiques non culturaux utiles au niveau des hôpitaux et des centres de santé. et dans des environnements plus éloignés. De tels efforts sont nécessaires non seulement pour améliorer le diagnostic et les résultats individuels des patients, mais aussi pour élaborer des stratégies es pour évaluer l’exposition de la population afin d’affiner les estimations de la charge de morbidité et de mieux cibler les mesures de prévention, y compris les vaccins

DÉFIS DE GESTION COMPRENANT LA MENACE DE RÉSISTANCE ANTIMICROBIENNE

Historiquement, les décès dus aux SNiT et aux typhoïdes ont été largement saisis en milieu hospitalier. Meilleure compréhension de la taille de la population desservie par les cas hospitalisés, de la proportion de tous les cas présents à l’hôpital et meilleure capture des événements vitaux dans la communauté. sont essentiels si nous voulons obtenir des estimations plus exactes du fardeau de la maladie La reconnaissance clinique de la maladie invasive de Salmonella demeure un défi lorsque la typhoïde et le NTS se produisent Étant donné les différences évidentes de génétique et de pathogenèse, L’absence de diagnostics robustes et la faible disponibilité et la sensibilité des hémocultures conduisent à des traitements empiriques fréquents, parfois avec des antimicrobiens inappropriés guidés par des directives nationales ou internationales Comme discuté, sérologie plus ancienne Les tests basés sur les résultats se sont révélés trop spécifiques pour orienter de manière fiable la thérapie ou l’épidémie. logy De nouvelles cibles ont été évaluées mais doivent être intégrées dans des applications plus conviviales et testées sur le terrain dans des environnements d’intensité de transmission diverseL’émergence de la résistance aux antimicrobiens est alarmante de plusieurs façons La résistance aux antibiotiques aux agents antimicrobiens couramment disponible dans les communautés est déjà très répandue Les résistances antimicrobiennes peuvent également être associées à des taux de létalité accrus et à des durées de transmission plus longues en raison d’une clairance inadéquate entraînant une incidence plus élevée . NTS et Salmonella Typhi en Afrique résistants aux céphalosporines à spectre étendu et aux fluoroquinolones, l’identification des éléments génétiques mobiles transmissibles contenant les gènes de résistance et la fixation de certains gènes de résistance aux antimicrobiens dans le chromosome soulèvent la possibilité de changements rapides. Comme nous l’avons vu, les mécanismes de surveillance de l’émergence de la résistance aux antimicrobiens doivent être mieux définis et essentiels si nous voulons être en mesure d’agir rapidement pour maîtriser la maladie, en particulier dans les pays en développement. contexte des grandes épidémies qui ont eu lieu ces dernières années

DIRECTIONS FUTURES

Des efforts concertés sont nécessaires si les communautés scientifiques, de santé publique et d’élaboration des politiques doivent surmonter le lourd fardeau actuel de la maladie et de la fièvre typhoïde en Afrique. Ces efforts devront commencer par des diagnostics améliorés qui soutiendront le domaine de haute qualité. Ces modèles peuvent aider à combler des lacunes importantes dans nos connaissances sur les sources et la transmission des maladies, et peuvent prédire l’impact des interventions non vaccinales et vaccinales. Surveillance pour détecter le développement ultérieur de la résistance aux antimicrobiens et des essais Améliorer les résultats des patients nécessitera des études cliniques pour alimenter les algorithmes de gestion des patients Bien que nous ignorions encore largement le fardeau de la maladie, les facteurs de risque potentiels, les voies de transmission, les tendances épidémiologiques et les réservoirs d’infection, chacun de ces facteurs les éléments sont abordés dans ce supp L ‘élan pour le supplément est né à la suite d’une réunion consensuelle d’experts sur la Salmonella invasive en Afrique qui s’est tenue à Blantyre, au Malawi, à la fin du Parrainé par le Wellcome Trust et le Bill & amp; Melinda Gates Foundation, de nouvelles données ont été présentées par les pays africains, résultant en ce supplément, qui aidera à combler les lacunes de connaissances critiques et stimuler de nouvelles collaborations entre les équipes multidisciplinaires à travers les continents On espère également que le supplément favorisera le plaidoyer auprès des décideurs et bailleurs de fonds niveaux pour améliorer la visibilité de ces maladies négligées

Remarques

Soutien financier La publication de ce document a été rendue possible avec le soutien du projet de loi & amp; Le numéro de subvention de la Fondation Melinda Gates OPP J A C est soutenu par le programme R TW et le BBSRC du Conseil de recherche en biotechnologie et en sciences biologiques du Royaume-Uni, National Science Institutes of Health, National Science Foundation, Ecology and Evolution of Infectious Disease. numéro de subvention BB / J /, et par le Royaume-Uni BBSRC Zoonoses dans les programmes BB / L, BB / L et BB / LRSH ont été soutenus par un prix stratégique du Wellcome Trust pour le Malawi-Liverpool-Wellcome Trust Programme de recherche cliniqueSupplément de parrainage Cet article est apparu dans le supplément « Salmonella Invasive Disease in Africa », parrainé par l’Université d’Otago Conflit d’intérêts potentiel Les deux auteurs: Aucun conflit rapporté Les auteurs ont soumis le formulaire ICMJE pour la divulgation des conflits potentiels de conflits d’intérêts qui les éditeurs considèrent pertinents au contenu du manuscrit ont été divulgués

Tu peux Aussi comme