Caractérisation des agents viraux causant une infection respiratoire aiguë dans une clinique du centre médical de l’Université de San Francisco durant la saison grippale

Contexte Avec l’utilisation de la réaction en chaîne par polymérase PCR et d’une méthode de culture virale par centrifugation, nous avons caractérisé les virus responsables d’infections respiratoires aiguës chez les adultes durant la saison grippale.Méthodes Pendant les mois de janvier à mars, des échantillons nasopharyngés ont été analysés. pathogènes viraux avec culture virale centrifugée et PCRResults Les diagnostics de cas comprenaient une infection des voies respiratoires supérieures non spécifiée dans [%] des cas, une bronchite aiguë [%], une sinusite [%], une pharyngite [%] et une pneumonie [%] d’un essai de flacon de coquille et PCR a identifié un pathogène en% des patients, y compris la grippe A ou B dans, picornavirus dans y compris rhinovirus dans, virus respiratoire syncytial RSV dans, métapneumovirus humain dans, coronavirus humain OC dans, adénovirus dans, type virus parainfluenza dans, et la co-infection avec le type de virus grippal et parainfluenza en Conclusion Nos résultats démontrent que, même pendant la saison grippale, le rhinovirus et le VRS sont prévalents et doivent être pris en compte dans le diagnostic différentiel des infections respiratoires aiguës chez l’adulte avant de prescrire des médicaments antiviraux. Le coronavirus humain et le métapneumovirus humain n’ont pas joué un rôle important. et d’autres pathogènes viraux qui ne sont pas facilement détectés par les méthodes d’essai traditionnelles

Les infections respiratoires acquises dans la communauté chez les adultes contribuent considérablement à la morbidité et à la mortalité. Souvent limitées d’elles-mêmes, ces infections peuvent entraîner des jours de travail perdus, des coûts médicaux plus élevés, des maladies graves et même la mort. difficile à définir Bien que «aucun agent pathogène isolé» ne soit fréquent dans près de% des cas, il représente probablement des agents pathogènes viraux que les tests de diagnostic ont été incapables de détecter Bien qu’il y ait des chevauchements fréquents, historiquement, rhinovirus, coronavirus humains et les adénovirus ont souvent été associés à des infections des voies respiratoires supérieures, comme le rhume, l’otite moyenne et la sinusite, tandis que la grippe, le virus respiratoire syncytial et les virus parainfluenza sont fréquents dans les cas d’infection des voies respiratoires inférieures, par exemple bronchite aiguë, bronchiolite et pneumonie Bien que leur utilisation soit limitée principalement aux laboratoires de référence Les nouvelles techniques de diagnostic moléculaire peuvent offrir une meilleure sensibilité et spécificité pour la détection des agents respiratoires que celles offertes par les méthodes cliniques courantes, p. ex. détection ou isolement d’antigènes. Au cours de la dernière décennie, la technologie PCR a amélioré notre compréhension du ont été traditionnellement difficiles à détecter par des méthodes de routine, comme le métapneumovirus humain, le rhinovirus, le RSV et le coronavirus humain Cependant, de nombreuses études utilisant des techniques de PCR ont testé un seul ou un nombre limité d’agents respiratoires [-, -] D’autres se sont concentrés sur des populations spécifiques, par exemple des patients pédiatriques ou des personnes âgées ou ayant des maladies sous-jacentes spécifiques, par exemple des adultes atteints de maladies pulmonaires chroniques ou se concentrant sur des foyers d’épidémies [,, -,,] Les cellules fraîches R-Mix; Hybrides diagnostiques et techniques PCR pour tester les virus respiratoires dans une population d’adultes auparavant en bonne santé, avec pour objectifs, premièrement, de mieux caractériser le spectre des agents viraux responsables des ARI, et deuxièmement, de comparer la sensibilité des nouvelles techniques moléculaires à celle des méthodes conventionnelles. pour diagnostiquer les pathogènes respiratoires viraux

Méthodes

Conception de l’étude Pendant Janvier-Mars, les adultes consécutifs âgés de ⩾ ans et cherchant des soins à l’Université de Californie, San Francisco UCSF Clinique ambulatoire de soins ambulatoires ou d’urgence avec les symptômes d’un ARI étaient admissibles à la participation UCSF est un hôpital universitaire de soins tertiaires avec un grand La clinique de soins ambulatoires de l’UCSF est la principale clinique de référence pour les patients envoyés par la clinique de soins primaires UCSF pour l’évaluation des problèmes médicaux non urgents, tandis que l’urgence évalue les patients gravement malades. Les symptômes de l’IRA sont définis comme le développement d’une nouvelle maladie. Au cours des dernières semaines, la toux, la douleur des sinus, la congestion, les maux de gorge ou la fièvre ont été exclus: grossesse, troubles inflammatoires systémiques, p. ex. polyarthrite rhumatoïde, lupus érythémateux disséminé ou maladie inflammatoire de l’intestin, coexistante. infections, lésions tissulaires sévères au cours des jours précédents, p. ma, chirurgie, ou brûlures, infarctus du myocarde ou angine instable, cancer métastatique ou non traité, et SIDA ou autres troubles immunosuppresseurs.Les assistants de recherche assistés ont continuellement examiné les notes de triage pour identifier les patients potentiellement éligibles Une fois les patients identifiés, un formulaire normalisé de rencontre a été utilisé. l’âge, la race ou l’appartenance ethnique du patient, les conditions médicales sous-jacentes et les signes et symptômes cliniques. Le clinicien évaluateur a attribué un diagnostic clinique dans une zone libre du formulaire. Les diagnostics étant fondés sur le jugement du clinicien, les diagnostics peuvent ne pas avoir été faits. Les patients ont ensuite été évalués et ont été traités par les cliniciens de la manière habituelle. L’examen des dossiers médicaux a été effectué pour vérifier les signes vitaux, les résultats de l’examen physique, les diagnostics et les traitements. examiné et approuvé par le Méthodes de laboratoire Au moment de l’enrôlement, des échantillons de lavage nasopharyngien ont été prélevés avec du sérum physiologique, placés dans des milieux de transport viraux, aliquotés dans de multiples tubes stériles et conservés à – ° C. l’objectif principal de l’étude était d’examiner la fréquence des agents pathogènes responsables de la bronchite aiguë. Streptocoques du groupe A et bactéries encapsulées, p. ex. Streptococcus pneumoniae, Haemophilus influenza et Moraxella cattarhalis ne sont pas considérées comme des causes fréquentes de bronchite aiguë. chez les adultes sans maladie pulmonaire sous-jacente Les échantillons ont été inoculés dans des cultures de fioles de coquille fraîches R-Mix Fresh Cell avec Hybrides diagnostiques de lamelles et ont été cultivées à ° C pour et h R-Mix Fresh Cells, une combinaison de cellules de poumon de vison et de cellules d’adénocarcinome humain , sont plus sensibles que la culture conventionnelle et ont un délai d’exécution relativement rapide Au début de la culture, toutes les préparations cellulaires ont été colorées par immunofluorescence directe en utilisant un anticorps polyvalent Bartels-Trinity Biotechnology dirigé contre les virus grippaux A et Types de virus B, RSV, adénovirus et parainfluenza – Les copies de cultures ayant des résultats positifs ont été colorées en utilisant des anticorps monoclonaux spécifiques au virus. L’acide nucléique total a été extrait des échantillons respiratoires à l’aide du kit MasterPure Complete DNA and RNA Purification. les dosages ont été réalisés selon Erdman et al , avec des amorces pour les types d’adénovirus, de grippe A et B, RSV et parainfluenza – ; type de virus parainfluenza ; métapneumovirus humain ; coronavirus humain OC et E forward amorce ; amorce inverse du coronavirus E humain ; Pour différencier le rhinovirus de l’entérovirus, un processus de RT-PCR -step a été modifié à partir de Kares et al Un test de RT-PCR en temps réel a été utilisé pour améliorer la sensibilité au RSV S Lindstrom, communication personnelleAnalyse des données Les procédures univariées ont été utilisées pour examiner la distribution des caractéristiques de la maladie, les résultats de l’examen physique et les résultats de laboratoire. Tests statistiques de comparaison inclus χ tests pour les variables dichotomiques, t tests pour les variables continues normalement distribuées, et tests de la somme des rangs de Wilcoxon pour les variables non uniformément réparties Toutes les analyses statistiques ont été effectuées à l’aide du logiciel SAS SAS Institute

Résultats

Cette étude a été réalisée entre janvier et mars, en pleine période d’activité grippale, mesurée par les tendances régionales des consultations externes pour les syndromes grippaux, les hospitalisations associées à la grippe et les détections en laboratoire de la grippe en Californie du Nord . dans la clinique de soins ambulatoires aigus de l’UCSF et dans la salle d’urgence qui étaient en cours d’évaluation pour les symptômes respiratoires aigus ont été approchés pour participer à l’étude, les patients inscrits, les échantillons cliniques recueillis, et avaient des spécimens appropriés pour les tests diagnostiques. Les patients étaient et les années, respectivement Les durées moyenne et médiane de la maladie étaient et les jours, respectivement La plupart des patients étaient auparavant en bonne santé; les problèmes médicaux sous-jacents les plus fréquemment rapportés étaient le rhume des foins ou les allergies [%] des cas, l’asthme [%] et le diabète [%] de Neuf patients% ont été hospitalisés

Table View largeTélécharger les caractéristiques démographiques et cliniques et l’étiologie des maladies respiratoires aiguës chez l’adulte, par pathogèneTable View largeTélécharger slideDonnées démographiques et cliniques et étiologie des maladies respiratoires aiguës chez les adultes, par pathogèneLes diagnostics suivants ont été assignés par le clinicien évaluateur: infection des voies respiratoires supérieures non spécifique [% de, bronchite [%] de, sinusite [%] de, pharyngite [%] de, et pneumonie [%] du tableau Parmi les cas avec un diagnostic d’infection des voies respiratoires supérieures, l’agent le plus commun était la grippe trouvée dans [%] Parmi les patients avec un diagnostic de bronchite, l’agent le plus commun était picornavirus trouvé dans [%] des patients; Dans ces cas, l’agent a été classé comme rhinovirus, suivi de la grippe chez [%] des patients. Pour le petit nombre de cas de sinusite, de pharyngite et de pneumonie, les agents détectés sont listés dans le tableau. dosage, un agent viral a été détecté dans un total de% des cas Le virus A a été détecté par le test du flacon dans% des patients, alors que la PCR a identifié un virus dans% des cas. Spécifique, la PCR ciblée a identifié des virus supplémentaires non évalués par le test du flacon, y compris les cas de picornavirus, le métapneumovirus humain et le coronavirus humain OC Parmi les cas d’infection par le picornavirus, des tests de PCR supplémentaires différenciés en raison du rhinovirus; les autres picornavirus n’ont pas pu être classés davantage sur la base de la sensibilité du test

Tableau View largeTélécharger slideComparaison d’une culture virale avec centrifugation améliorée et PCR dans le diagnostic d’agents viraux de maladies respiratoires aiguës chez des adultes auparavant en bonne santéTable View largeTélécharger une diapositive Comparaison de cultures virales centrifugées et PCR dans le diagnostic d’agents viraux de maladies respiratoires aiguës antérieurement en bonne santé Comparaison entre le cas du virus de la grippe A et le cas du virus de la parainfluenza chez les patients ayant obtenu des résultats négatifs selon le test de la coquille, mais n’ayant pas détecté de cas chez les patients ayant obtenu des résultats positifs. A chez les patients, adénovirus chez les patients, et les infections de type virus parainfluenza chez les patients atteints de grippe Disparité dans le sous-type de la grippe a été observée dans les cas: le test de la fiole coque n’a pas pu distinguer entre les griffes A et B comme la grippe A selon differen Méthodes de PCRUtilisant le test du flacon de shell comme étalon-or, le test RT-PCR de grippe A conventionnel a montré une sensibilité, une spécificité et des valeurs prédictives positives et négatives de%,%,% et%, respectivement. A a montré une concordance avec ces échantillons positifs pour la PCR, des échantillons négatifs sur les flacons. Lorsque ces échantillons étaient considérés comme de vrais positifs, les valeurs augmentaient à%,%,% et%, respectivement. Les signes et symptômes cliniques des pathogènes viraux les plus courants sont listés dans le tableau En comparant les patients infectés par la grippe avec ceux infectés par le rhinovirus ou le RSV, les patients atteints de la grippe étaient plus susceptibles d’avoir des myalgies P & lt; Les patients atteints de grippe étaient plus susceptibles d’avoir de la fièvre, comparativement aux patients atteints de rhinovirus P & lt; Il y avait une tendance vers une association avec la fièvre et RSV P =; cependant, le petit nombre de patients du groupe RSV n = limitait notre pouvoir de détecter une différence significative Les patients infectés par le rhinovirus ou le RSV étaient plus susceptibles d’avoir une respiration sifflante à l’examen que les autres P & lt;

Tableau View largeTélécharger la diapositive Comparaison des caractéristiques cliniques chez les patients adultes atteints de maladies respiratoires aiguës infectées par la grippe, le picornavirus et le virus respiratoire syncytialTable Voir grandTélécharger la diapositiveComparaison des caractéristiques cliniques chez les patients adultes atteints de maladies respiratoires aiguës infectées par la grippe, le picornavirus et le virus respiratoire syncytial

Discussion

Nos résultats concordent avec ceux d’autres études identifiant le VRS comme une cause importante d’infections respiratoires aiguës chez des adultes auparavant en bonne santé, y compris une étude basée sur la PCR qui a permis d’identifier des cas d’infections nosocomiales. Le VRS est la cause de jusqu’à% des cas de syndrome grippal Les résultats négatifs de notre étude – qui ont été réalisés malgré notre utilisation de tests de PCR ciblés et sensibles – méritent d’être soulignés. La détection peu fréquente de coronavirus humain dans notre étude est Des études plus anciennes, basées principalement sur des tests sérologiques, ont estimé que les coronavirus humains représentent jusqu’à% des cas de maladies des voies respiratoires supérieures, avec des cas peu fréquents de maladies graves chez les nourrissons, les personnes âgées et les adultes atteints de maladie pulmonaire chronique [ ] Des études récentes utilisant la PCR ont confirmé que le coronavirus humain peut jouer un rôle important dans les exacerbations de l’asthme chez les adultes et dans les poussées respiratoires ; Cependant, nous avons pu confirmer que le coronavirus humain contribue substantiellement à IRA cliniquement significative chez les adultes en bonne santé métapneumovirus humain a également été souvent identifiée Bien que métapneumovirus humain a été découvert que récemment, il semble que le virus a circulé chez l’homme depuis plusieurs décennies et a des caractéristiques épidémiologiques et cliniques similaires à celles du VRS À ce jour, on sait peu de choses sur la contribution du métapneumovirus humain à l’IRA chez les adultes; des données limitées estimer la prévalence de métapneumovirus humain chez les personnes non hospitalisées à% -% , en utilisant les mêmes amorces que d’autres chercheurs, nous avons identifié métapneumovirus humain que dans% des cas Nos résultats concordent avec les données existantes suggérant que le métapneumovirus humain peut cocirculate en même temps Dans cette étude, les échantillons testés par PCR ont subi plusieurs cycles de congélation / décongélation, ce qui peut avoir affecté négativement la sensibilité du test. Contrairement aux méthodes de culture standard, La PCR limite la détection aux agents ciblés, et la sensibilité et la spécificité des tests PCR individuels peuvent varier en fonction du pathogène cible et des amorces et sondes spécifiques utilisées. Il est possible que les échantillons avec des résultats PCR positifs mais négatifs ; Cependant, dans cette étude, les résultats des tests de PCR ont été corroborés par des tests conventionnels simultanés ou par un second test RT-PCR. En outre, des résultats de PCR positifs confirmés non-culture dans notre laboratoire ont été confirmés par séquençage . Implications cliniques Les premières études ont établi une corrélation entre la circulation du virus grippal dans la communauté et l’augmentation concomitante de l’IRA sévère, des hospitalisations pour pneumonie et de la mortalité associée à la grippe . , les patients présentant des signes et des symptômes cliniques spécifiques, p. ex., toux et fièvre après l’apparition des symptômes sont susceptibles de contracter la grippe et peuvent bénéficier d’une thérapie antivirale empirique pour réduire la durée de la maladie et le nombre d’hospitalisations associées à la grippe. ces recommandations sont basées sur l’analyse rétrospective regroupée d’essais cliniques antiviraux, en Dans notre étude, les principales différences cliniques entre les agents les plus courants – grippe, rhinovirus et RSV – étaient la présence de myalgies avec la grippe. et de la fièvre avec la grippe et le VRS Une conclusion de sifflements lors de l’examen a été associée à une infection à rhinovirus ou RSV L’association des sifflements à la fois rhinovirus et infection par le VRS a été décrit et a été postulée due à la réactivité bronchique accrue provoquée par une lésion des voies respiratoires, β diminué fonction adrénergique, la production d’IgE, et amélioré la libération d’histamine leucocytaire Lors de l’évaluation des patients présentant des symptômes non spécifiques de la maladie comme la grippe, ces indices cliniques supplémentaires peuvent être utiles au clinicien considérant les avantages et les inconvénients de la prescription un traitement antiviral, qui peut être Par exemple, les médicaments à base d’adamantane sont associés au CN. En conclusion, nos résultats démontrent que, même pendant la saison grippale, les rhinovirus et le VRS sont prévalents et doivent être pris en compte dans le diagnostic différentiel des adultes. IRA avant de prescrire un médicament antiviral Le coronavirus humain et le métapneumovirus humain ne semblent pas jouer un rôle important Enfin, la PCR était un outil particulièrement utile dans l’identification de la grippe et d’autres agents pathogènes viraux qui ne sont pas facilement détectés par les méthodes d’essai traditionnelles

Remerciements

Aide financière Programme de développement de la Faculté de Médecine Minoritaire Robert Wood Johnson Subvention Conflits d’intérêts potentiels Tous les auteurs: aucun conflit

Tu peux Aussi comme