Impacts des pratiques diagnostiques indépendantes de la culture sur la surveillance de la santé publique des agents pathogènes bactériens entériques

Pendant des décennies, la culture a été le pilier des tests de diagnostic des pathogènes entériques bactériens. Ce paradigme est en train de changer car les laboratoires cliniques adoptent des méthodes indépendantes de la culture telles que les tests basés sur l’antigène et les tests d’acides nucléiques. objectifs: étude de cas pour le contrôle localisé des maladies; l’évaluation de la charge de morbidité et des tendances afin de hiérarchiser et d’évaluer l’impact des mesures de contrôle basées sur la population; détection d’épidémies; Caractérisation microbiologique pour améliorer la compréhension des pathogènes, leurs mécanismes de virulence et épidémiologie Nous résumons les défis et les opportunités que présentent les tests indépendants de la culture et suggérons des stratégies, telles que des études de validation et le développement de tests indépendants de la culture pouvant être adoptés. Les praticiens de la santé publique doivent clairement expliquer la valeur de la surveillance, en particulier la façon dont la détection des éclosions profite au public, et collaborer avec toutes les parties prenantes pour développer des solutions

La surveillance de la santé publique pour les infections bactériennes entériques aux États-Unis porte sur des objectifs interdépendants mais distincts: recherche de cas individuels pour des activités de lutte contre les maladies localisées; l’évaluation de la charge de morbidité et des tendances afin de hiérarchiser et d’évaluer l’impact des mesures de contrôle basées sur la population; détection d’épidémies pour protéger la population et identifier les lacunes dans les mesures de contrôle; La caractérisation microbiologique des infections signalées améliore la compréhension des pathogènes, de leurs mécanismes de virulence et de leur épidémiologie. Les données de surveillance sont également à la base d’autres activités de santé publique, telles que les analyses épidémiologiques permettant d’attribuer les maladies entériques à des expositions spécifiques invasif. La plupart des systèmes de surveillance aux États-Unis définissent un cas comme une infection confirmée par la culture. Souvent, les isolats sont soumis par les laboratoires de diagnostic clinique aux PHL des laboratoires de santé publique, où une caractérisation plus poussée est effectuée [ ,] Ce paradigme est en train de changer alors que les laboratoires cliniques adoptent des méthodes indépendantes de la culture. Des tests de la toxine Shiga pour la détection de E.coli STEC produisant la toxine de Shiga ont été disponibles dans le commerce pour & gt; L’approbation de la FDA de nouveaux kits a suscité un regain d’intérêt pour les tests qui détectent l’antigène Campylobacter directement à partir des selles Des tests PCR de réaction en chaîne de la polymérase pour détecter les gènes de plusieurs pathogènes entériques sont en cours de développement. , bien qu’ils ne soient pas encore approuvés par la FDA Les tests indépendants de la culture sont généralement plus rapides que la culture et, dans certains cas, peuvent fournir plus de types d’informations que précédemment, comme la détection de la toxine Shiga. isoler qui peuvent être transmis aux LSP, et les spécimens collectés pour des tests indépendants de la culture peuvent, dans certains cas, être incompatibles avec la culture En outre, les caractéristiques de performance des tests indépendants de la culture sont variables et différentes de celles de la culture. de nouveaux tests pour la surveillance des maladies et discuter de l’impact sur chacun des objectifs de surveillance. les stratégies gestuelles que les organismes de santé publique, les laboratoires cliniques et l’industrie pourraient adopter pour s’assurer que la surveillance des infections entériques bactériennes demeure robuste

TESTS DE DIAGNOSTIC POUR LES PATIENTS ET LES POPULATIONS

Les cliniciens, les cliniciens cliniciens et les praticiens de la santé publique apprécient les tests diagnostiques précis, rapides et peu coûteux qui permettent le typage et les autres tests selon les besoins. Les cliniciens se concentrent principalement sur les besoins individuels des patients. Le test idéal est rapide et précis Les tests de sensibilité aux antimicrobiens peuvent être importants, mais les décisions de traitement initiales sont généralement prises avant que les résultats ne soient disponibles. Les résultats des tests de sous-typage ou de virulence sont rarement pris en compte. Les tests de virulence peuvent jouer un plus grand rôle dans la prise en charge clinique Comme les cliniciens, les praticiens de la santé publique apprécient les tests rapides et précis, mais les praticiens de la santé publique plus grand emp Même pendant les flambées, lorsque l’importance relative de la vitesse augmente, la précision reste essentielle pour s’assurer que les cas associés aux flambées sont clairement identifiés. Comme la surveillance est continue, les praticiens de la santé publique apprécient la stabilité dans l’utilisation et l’exactitude des données. Les praticiens de la santé publique ont souvent besoin d’informations plus détaillées sur les isolats que les cliniciens. Par exemple, diverses méthodes de sous-typage , comme le sérotypage et la caractérisation des facteurs de virulence, permettent la détection des éclosions et le suivi des infections à souches spécifiques, mais peuvent ne pas être directement liés aux soins cliniques Bien que les cliniciens et les laboratoires de diagnostic clinique déterminent finalement le type d’essais cliniques s, toutes les parties prenantes doivent comprendre l’impact sur la santé publique des méthodes disponibles

CHANGEMENT DES PRATIQUES DE LABORATOIRE

Les laboratoires cliniques qui font face à des pressions pour fournir des résultats rapides et fiables tout en minimisant les coûts adoptent rapidement des tests culturaux indépendants des pathogènes entériques bactériens. Ces méthodes incluent des tests d’amplification des acides nucléiques comme la PCR et des méthodes antigéniques telles que les immunoessais enzymatiques D’autres méthodes peuvent être en cours de développement La culture nécessite souvent plusieurs jours, alors que certaines méthodes indépendantes de la culture donnent des résultats en ≤ jour Bien que les matériels de test indépendants de la culture soient plus chers, ils réduisent le coût des microbiologistes hautement qualifiés. Réseau de surveillance active des maladies d’origine alimentaire FoodNet mène une surveillance active des agents pathogènes d’origine alimentaire avec & gt; laboratoires cliniques dans les États De à, la proportion de laboratoires utilisant Shiga toxin testing, une méthode indépendante de la culture, a augmenté de% à% ; une enquête suggère que ce pourcentage a continué à augmenter Centres de contrôle et de prévention des maladies [CDC], données non publiées De même, le pourcentage de laboratoires cliniques dans FoodNet utilisant des tests indépendants de culture pour Campylobacter a augmenté de% à%, une augmentation rapide qui semble être continue CDC, des données non publiées

IMPACT SUR LES OBJECTIFS DE LA SURVEILLANCE DE LA SANTÉ PUBLIQUE

Le passage à des tests indépendants de la culture a des implications différentes pour chaque objectif de surveillance.

Avantages et défis du test indépendant de la culture du point de vue du patient Avantages Défis Diagnostic rapide Résultats faussement positifs entraînant un traitement inutile ou un diagnostic incorrect Potentiel de moindre coût Perte des tests de sensibilité aux antimicrobiens Potentiel de prélèvement d’échantillons plus faciles gamme plus étendue de pathogènes, par exemple, non-O STEC Meilleure sensibilité pour certains agents pathogènes Avantages Défis Diagnostic rapide Faux positifs entraînant des traitements inutiles ou un diagnostic incorrect Potentiel de moindre coût Perte des tests de sensibilité aux antimicrobiens Potentiel de collecte plus simple des spécimens gamme de pathogènes, par exemple, non-O STEC Meilleure sensibilité pour certains agents pathogènes Abréviation: STEC, Escherichia coliView productrice de Shiga toxique Large

Enquête de cas pour le contrôle des maladies

L’objectif fondamental de la surveillance des cas notifiables est d’identifier les personnes infectées afin d’effectuer une investigation et de contrôler les maladies. Parce que les tests indépendants de la culture ont un potentiel d’utilisation et un coût moindre, leur adoption peut augmenter le nombre de tests effectués. Par exemple, l’identification de routine de STEC non-O n’était pas pratique tant que le test de la toxine Shiga n’était pas disponible dans le commerce. Comme les laboratoires ont adopté le test de la toxine Shiga, il y a eu Augmentation du nombre de cas non-O STEC signalés Les caractéristiques de performance de nombreux tests indépendants de culture semblent être différentes de la culture Pour certains, la sensibilité ou la spécificité ou les deux semblent être inférieures à la culture. échange pour la rapidité, il peut poser des problèmes aux cliniciens et aux praticiens de la santé publique Culture-ind Des méthodes épendantes avec une faible spécificité peuvent produire un grand nombre de résultats faussement positifs, surtout lorsqu’elles sont utilisées dans des populations à faible prévalence. Une étude récente a rapporté une spécificité de% et une valeur prédictive positive PPV de% pour un nouveau test de Campylobacter basé sur un antigène. % des échantillons inclus étaient positifs par culture, nettement plus élevé que ce qui serait probablement vu dans la pratique Traduire ces résultats dans un environnement réel où la prévalence de Campylobacter pourrait être plus proche de% -% des selles diarrhéiques , Les résultats préliminaires d’une étude de validation multisite et réelle de la culture de Campylobacter et de méthodes indépendantes de la culture étaient similaires . En revanche, les immunodosages enzymatiques pour la détection de la toxine Shiga ont montré des VPP de% et de% un standard de référence de culture pour STEC O dans des études avec des populations avec une prévalence réaliste de l’infection On connaît moins de plusieurs nouveaux tests PCR, mais leur caractéristique s Les tests de PCR disponibles dans le commerce n’ont pas encore reçu l’approbation de la FDA Il est important de se rappeler que la précision de tout test, y compris la culture, peut varier en fonction du niveau de compétence du personnel de laboratoire, de l’étalonnage Les résultats faussement positifs sont problématiques pour les patients, qui peuvent recevoir des traitements inutiles et des coûts médicaux accrus, et pour les praticiens de la santé publique, qui peuvent gaspiller des ressources à enquêter sur des cas qui ne sont pas de vraies infections. des tests et l’exclusion du travail ou des gardes d’enfants, soulevant des questions sur les preuves nécessaires pour une personne de retourner au travail ou de garder après avoir été exclue en raison d’un diagnostic d’infection entérique Peu ou pas de conseils pour choisir les tests ou résoudre les écarts entre Résultats indépendants de la culture et de la culture Pour prévenir la propagation de l’infection, les départements de la santé n des tests suffisamment sensibles pour détecter la totalité ou la plupart des personnes présentant des infections pouvant présenter un risque pour autrui tout en évitant le fardeau imposé par des tests qui pourraient détecter des organismes non viables ou être faussement positifs pour d’autres raisons. Ces tables et ces études devraient inclure la collecte d’informations démographiques et cliniques auprès des patients et devraient être réalisées dans des contextes où la prévalence de l’infection reflète celle de la population pour laquelle le test est utilisé. Sur la base de leurs résultats, des documents de meilleures pratiques peuvent être développés pour les laboratoires cliniques et les LSP, similaires à ceux publiés pour STEC , Chlamydia trachomatis, et Neisseria gonorrhoeae Réseaux tels que FoodNet peut surveiller le respect des lignes directrices Les résultats de validatio n et d’autres études peuvent être utilisées pour développer de nouveaux algorithmes de tests de santé publique pour un retour au travail ou une garde d’enfants sûrs qui maintiennent la sécurité publique sans imposer de fardeau excessif aux patients

Avantages et défis des tests indépendants de la culture du point de vue de la santé publique Avantages Défis Détection rapide des cas Ressources gaspillées pour le suivi inutile des cas Augmentation des tests potentiels entraînant une augmentation du nombre de cas Estimation incorrecte ou instable du nombre réel de maladies Perturbation de la surveillance des tendances Meilleure sensibilité pour certains pathogènes Perte de sous-typage pour la détection d’une éclosion Enquête possible sur les pseudo-épidémies Diminution de la capacité à surveiller les tendances des sous-types, comme Salmonella serovar Enteritidis Perte des tests de sensibilité aux antimicrobiens Coûts de santé publique accrus pour la surveillance Avantages Défis Détection rapide des cas Ressources gaspillées pour le suivi inutile des cas Augmentation potentielle du nombre de tests menant à une augmentation du nombre de cas Estimations incorrectes ou instables du nombre réel de maladies Détection de Perturbation du suivi des tendances Meilleure sensibilité pour certains pathogènes Perte de sous-typage pour la détection d’une éclosion Enquête possible sur les pseudo-épidémies Diminution de la capacité à surveiller les tendances des sous-types, comme Salmonella serovar Enteritidis Perte des tests de sensibilité aux antimicrobiens coûts de santé publique pour la surveillance Abréviation: STEC, Escherichia coli productrice de Shiga toxique

Évaluation du fardeau et des tendances de la maladie

Les praticiens de la santé publique utilisent les rapports de maladies pour évaluer les maladies et surveiller les tendances, influençant ainsi les décisions concernant l’allocation des ressources et déterminant l’efficacité des interventions de santé publique. Les tests indépendants de la culture posent au moins un défi pour surveiller précisément le fardeau et les tendances de la maladie. rapports dus aux variations des performances des tests ou à l’utilisation de nouveaux tests pour différentes indications cliniques, aux changements dans les caractéristiques démographiques des patients infectés, à la nécessité de réévaluer les multiplicateurs utilisés pour estimer les maladies totales, à la différenciation des souches et au besoin de surveillance Définitions des casLes changements apportés à tout système de surveillance peuvent poser des problèmes d’interprétation des données. Par conséquent, les changements dans les pratiques de laboratoire peuvent être problématiques. Même un test avec des caractéristiques de performance très imparfaites peut fournir des données fiables pour suivre les tendances. La culture de Campylobacter n’est pas% sensible mais utilisée depuis des décennies Les systèmes de surveillance des infections confirmées par culture fournissent des informations fiables sur les tendances Les laboratoires adoptant des méthodes indépendantes de la culture, spécifiques et sensibles, différentes de la culture, les données de surveillance doivent être interprétées. Les données démographiques des cas signalés avec confirmation de culture et celles sans confirmation de culture peuvent différer. FoodNet a recueilli des informations sur les personnes ayant subi des tests positifs indépendants de la culture depuis juin. De juin à décembre. FoodNet a reçu des rapports de personnes ayant une infection confirmée par la culture et avec seulement un test positif indépendant de la culture L’âge médian pour les personnes ayant une infection confirmée par culture était de plusieurs années et pour les personnes ayant un test positif indépendant de culture. Parmi les personnes ayant une infection confirmée par la culture,% étaient des femmes, comparativement à% des personnes ayant seulement un test positif indépendant de la culture P & lt; CDC, données non publiées Ces différences démographiques pourraient s’expliquer au moins en partie si les nouveaux tests sont utilisés pour différentes indications cliniques ou s’il existe une variabilité dans les populations desservies par des laboratoires qui adoptent des tests indépendants de culture. Des différences démographiques encore plus prononcées ont été observées dans un environnement où tous les selles ont été testées avec la même série de tests, suggérant un troisième mécanisme, encore inexpliqué, qui affecte la performance des tests indépendants de la culture Collette Fitzgerald, CDC, communication personnelle ces différences démographiques entraîneront des variations dans les tendances propres à l’âge et au sexe signalées pour les cas de Campylobacter et pourraient entraîner des difficultés dans l’interprétation exacte des données de surveillance. Surveillance des maladies à exclure capture une fraction de toutes les maladies diarrhéiques Figure FoodNet a mené des enquêtes auprès de la population, des médecins et des laboratoires pour estimer la proportion de cas manqués à chaque niveau de cette pyramide de surveillance, fournissant des données critiques pour les estimations. du nombre de maladies d’origine alimentaire aux États-Unis [,,] Parce que les tests indépendants de la culture pourraient modifier les paramètres à plusieurs niveaux, des enquêtes seront nécessaires pour mettre à jour les estimations de la charge future

Figure Vue largeTélécharger les étapes de surveillance qui doivent se produire pour qu’un cas diagnostiqué en laboratoire soit signalé dans le cadre de la surveillance des maladies à déclaration obligatoireFigure View largeTélécharger les étapes de surveillance requises pour qu’un cas diagnostiqué en laboratoire soit signalé dans le cadre de la surveillance des maladies à déclaration obligatoire. essentiel pour la surveillance et les mesures de contrôle de la maladie pour plusieurs agents pathogènes entériques Par exemple, Salmonella a & gt; sérotypes, dont beaucoup ont des niches écologiques et des voies de transmission particulières L’un des sérotypes les plus fréquemment isolés, Salmonella enterica sérovar Enteritidis SE, est communément associé aux œufs et au poulet; l’évaluation de l’impact des mesures de contrôle pour améliorer la sécurité des œufs ou du poulet nécessite un suivi spécifique des SE Comme les tests actuels indépendants de la culture ne donnent pas d’isolat pouvant être utilisé pour une caractérisation plus poussée , l’adoption généralisée de ces tests pourrait réduire la capacité Pour surveiller les tendances des infections SE et autres infections à Salmonella Comme la Salmonella, STEC a une diversité considérable Les tests de la toxine shiga permettent d’identifier systématiquement les infections non-O STEC Cependant, les tests de la toxine Shiga en eux-mêmes ne différencient pas les souches O et non O; De plus en plus de laboratoires adoptent les tests de la toxine Shiga, les LSP peuvent avoir besoin de ressources supplémentaires pour gérer des volumes plus élevés d’échantillons nécessitant une caractérisation des souches afin de mieux définir l’épidémiologie de ces pathogènes importants. Les tests standards ne seront pas pris en compte dans la surveillance nationale de la santé publique. Les définitions standard des cas confirmés et probables approuvées par le Conseil d’Etat et les Epidémiologistes Territoriaux CSTE incluent les infections confirmées par culture ou épidémiologiquement liées à des cas confirmés par culture. Des tests indépendants de la culture signifieront que les définitions de cas devront être reconsidérées. Plusieurs approches peuvent aider à relever ces défis en surveillant le fardeau et les tendances des maladies. Les services de santé publique pourraient recueillir des informations sur la méthode d’essai pour chaque résultat positif. Les services de santé de l’État pourraient régulièrement interroger les laboratoires cliniques sur les pratiques de test et pourraient également envisager de surveiller les pratiques de test des cliniciens. Les études de validation seront également cruciales pour comprendre les changements dans la fréquence des rapports de résultats positifs et FoodNet a mis en œuvre plusieurs de ces pratiques, collectant des données sur les résultats de tests positifs indépendants de culture pour STEC depuis Campylobacter puisque FoodNet a également initié une surveillance de routine des pratiques de test des laboratoires de microbiologie clinique et modifie actuellement sa surveillance des méthodes pour capturer tous les résultats d’essais positifs pour les pathogènes sous surveillance, que ce soit par des tests indépendants de culture ou de culture, ainsi que des informations sur les méthodes d’essai

Détection d’éclosion

Les isolats dérivés de culture sont nécessaires pour les méthodes de sous-typage telles que les tests de résistance aux antimicrobiens, le sérotypage et l’électrophorèse en champ pulsé. PFGE Les profils PFGE de Salmonella, STEC, Listeria et d’autres pathogènes entériques sont régulièrement téléchargés sur PulseNet, le réseau national de sous-typage moléculaire de ces agents pathogènes Les départements de santé publique et les CDC surveillent en permanence les groupes d’allumettes PFGE pour détecter les foyers qui pourraient ne pas être détectés Depuis sa création, PulseNet a révolutionné la détection des épidémies PulseNet a permis de découvrir de nouveaux aliments tels que Salmonella dans les produits d’arachide et les tartelettes surgelées au micro-ondes , STEC dans la pâte à biscuits crue et Listeria dans le cantaloup . par exemple, Salmonella multirésistante dans le boeuf haché et la dinde et highl Les résultats de ces enquêtes ont entraîné des changements à l’échelle de l’industrie dans le traitement et la surveillance des aliments, une amélioration de la réglementation, des campagnes d’éducation du public et d’autres activités de lutte. Détection efficace des éclosions, Les laboratoires cliniques s’éloignant des tests qui produisent des isolats, il sera essentiel de maintenir un système dans lequel le sous-typage peut être effectué sur un pourcentage élevé de cas. des échantillons positifs, en particulier Salmonella, STEC, et ListeriaSeveral options pour maintenir la capacité de détection de l’épidémie pendant cette période de changement des pratiques de diagnostic peuvent être considérés Premièrement, les laboratoires cliniques pourraient effectuer une culture réflexive des échantillons qui ont un résultat positif avec un test indépendant de culture produire isolats pour soumission aux PHL pour su btyping Deuxièmement, les laboratoires cliniques pourraient être invités à soumettre des matériels cliniques testés positifs avec un test indépendant de culture à leur PHL pour la culture. Pour assurer la réception de ces documents cliniques, les départements de santé de l’état devront peut-être modifier leurs problèmes logistiques à l’avance Les laboratoires de santé publique devraient aussi aborder des questions de charge de travail importantes s’ils commençaient à recevoir et à cultiver des spécimens testés positifs avec des tests indépendants de culture pour des agents pathogènes relativement communs tels que Salmonella Troisièmement, des méthodes de sous-typage indépendantes de la culture pourraient être développées pour le laboratoire clinique ou le PHL Cela peut être nécessaire si des spécimens parfois incompatibles avec la culture, tels que des prélèvements fécaux secs sur écouvillon, sont utilisés pour des tests indépendants de la culture. sous-type de surveillance inf Il serait catastrophique pour la surveillance des éclosions que les laboratoires cliniques abandonnent la culture avant que de nouvelles technologies de sous-typage et de nouveaux systèmes informatiques soient mis au point ou que d’autres systèmes soient utilisés pour la collecte des spécimens. Nous avons connaissance de plusieurs situations où des résultats faussement positifs et indépendants de la culture ont conduit à des réactions inappropriées de santé publique pendant les épidémies. Deux foyers d’infection à norovirus, dans une garderie et dans une université, ont été signalés pour la première fois. Plus récemment, des éclosions d’infection à Campylobacter ont été signalées dans des établissements de soins infirmiers spécialisés du Colorado et dans un centre de la petite enfance du Colorado, ministère de la Santé publique et de l’Environnement, communication personnelle dans chaque cas. On a signalé que le test de Campylobacter était indépendant de la culture dans l’établissement de maladies diarrhéiques additionnelles à l’établissement. Les selles initiales positives pour Campylobacter n’étaient pas disponibles pour la culture au PHL. Les mesures de lutte initiales sont souvent mises en œuvre sur la base de données préliminaires limitées. Bien que gourmandes en ressources, les praticiens de la santé publique devraient s’efforcer de vérifier les pathogènes signalés par des tests aux LSP lors d’enquêtes sur des éclosions possibles dans lesquelles des personnes ont été infectées. été diagnostiqué exclusivement avec des méthodes indépendantes de la culture, en particulier dans les milieux à haut risque

Caractérisation microbiologique des infections signalées

Les praticiens de la santé publique surveillent les caractéristiques microbiologiques des infections signalées pour améliorer la compréhension des agents pathogènes et de leur épidémiologie. Exemples: suivi de la sensibilité de Salmonella et Campylobacter aux agents antimicrobiens et évaluation des facteurs de virulence dans STEC Ces types de tests sont généralement effectués sur les LSP, les CDC ou les deux Par exemple, le Système national de surveillance de la résistance aux antimicrobiens effectue des tests de sensibilité aux antimicrobiens sur un échantillon systématique d’isolats de Salmonella soumis aux LSP. Le suivi de la sensibilité aux antibiotiques est important à l’échelle de la population, car une infection aux agents antimicrobiens clés maladie grave Les décisions réglementaires clés en matière de santé publique reposent sur des données de surveillance de la résistance aux antimicrobiens. Par exemple, une augmentation de Campylobacter résistant à la ciprofloxacine a entraîné une modification majeure de la politique interdisant la résistance aux antimicrobiens. Récemment, le Service de la salubrité et de l’inspection des aliments a commencé à demander aux entreprises de rappeler le bœuf haché et la dinde hachée impliqués dans des éclosions de salmonellose multirésistantes Les données sur la sensibilité aux antimicrobiens peuvent également fournir des renseignements utiles sur le sous-typage. Par exemple, les éclosions d’infections à Salmonella sérovar Newport pan-sensibles liées aux aliments sont souvent associées à des produits, tandis que les éclosions multirésistantes de Salmonella serovar Newport sont plus susceptibles d’être associées à la viande et aux produits laitiers. De même, les tests de facteur de virulence effectués par les LSP sont utilisés comme méthode de sous-typage et pour comprendre l’impact clinique et sanitaire du STEC afin de mieux cibler les mesures de prévention en santé publique. facteurs de virulence pourraient La caractérisation de la virulence, actuellement à base d’isolat, était essentielle à l’évaluation des cas et à l’action de santé publique pendant la grande éclosion d’E coli productrices de Shiga-toxines entéro-agrégantes associée aux germes. O: H infections centrées en Allemagne Les caractéristiques microbiologiques des isolats tels que les sous-types et les profils de susceptibilité sont également utilisées en combinaison avec d’autres données pour attribuer la maladie à des sources spécifiques. comme une plate-forme pour les analyses d’attribution, telles que les études cas-témoins d’infections sporadiques et les comparaisons d’isolats de patients, aliments et animauxLes méthodes indépendantes de la culture qui ne produisent aucun isolat et éventuellement aucun spécimen d’expédition posent un défi important mais non insurmontable à la santé publique objectifs liés à la surveillance des caractéristiques spécifiques de pat patétique hogens A cette fin, il est souvent inutile de tester tous les spécimens. Si une puissance statistique adéquate peut être atteinte, une solution consisterait à établir des sites sentinelles pour obtenir des isolats destinés à des projets de surveillance spécifiques. Le projet surveille les tendances de la susceptibilité aux antibiotiques grâce à des sites sentinelles qui collectent des spécimens pour la culture à partir d’un échantillon systématique de patients Alternativement, comme pour le sous-typage pour la détection d’épidémies, des méthodes indépendantes de la culture pourraient être développées. le suivi de la susceptibilité reposera sur la nécessité dans un avenir prévisible, car les mécanismes de résistance évoluent continuellement de manière à ne pas pouvoir être prédits par des cibles génétiques spécifiques

CONCLUSIONS

Le paysage de la surveillance des agents pathogènes bactériens entériques évolue rapidement Les tests indépendants de la culture présentent des avantages pour les laboratoires de diagnostic et les cliniciens traitant les patients atteints de maladies diarrhéiques qui conduiront très probablement à une utilisation continue de ces méthodes. entravent les efforts de santé publique pour prévenir et contrôler ces infections Nous avons décrit plusieurs approches possibles pour relever ces défis. Plusieurs de ces approches nécessiteront du temps et des ressources pour être mises en œuvre, mais elles seront nécessaires pour maintenir un système de surveillance solide capable d’identifier les cas. Pour relever les défis des tests indépendants de la culture, les praticiens de la santé publique doivent expliquer clairement la valeur de la surveillance des agents pathogènes entériques, en particulier la façon dont la détection des éclosions profite au public et collaborer avec les organismes nuisibles. tous les intervenants – groupes de patients, cliniciens, organismes de réglementation et industrie – pour élaborer des solutions

Tableau Résumé des propositions pour la santé publique: Propositions à court terme en temps réel Études de validation en temps réel et en collaboration avec des intervenants clés de nouvelles méthodes d’essai pour définir les caractéristiques de performance Élaborer des documents de meilleures pratiques et des directives cliniques à suivre et à diffuser largement enquêtes auprès des laboratoires cliniques pour suivre l’adoption de nouvelles méthodes d’essai Adopter des définitions de cas multiniveaux pour saisir les cas testés uniquement avec des méthodes indépendantes de la culture; élaborer des critères qui sont nécessaires avant que les définitions de cas nationales soient modifiées en fonction de méthodes indépendantes de la culture; envisager la mise en œuvre initiale dans des systèmes géographiquement limités, tels que FoodNet Commencer immédiatement à collecter des données sur les cas ne répondant pas aux définitions de cas confirmées et modifier les systèmes de données pour recueillir des données de laboratoire plus détaillées. Recommander la culture réflexive de spécimens positifs dans les laboratoires cliniques Demander l’envoi de matériel clinique aux laboratoires publics de santé publique, en privilégiant les STEC et les salmonelles, selon les ressources disponibles Préparer les changements dans la pratique clinique en laboratoire en évaluant la nécessité de modifier les spécimens ou de les ajouter; Déterminer les spécificités du transport, des médias, etc., pour être prêt à soumettre du matériel clinique aux laboratoires de santé publique. Propositions à court terme Études de validation en temps réel, en collaboration avec les principaux intervenants, de nouvelles méthodes d’essai pour définir les caractéristiques de performance. directives cliniques à suivre et à diffuser largement par les laboratoires Examens courants des laboratoires cliniques pour surveiller l’adoption de nouvelles méthodes d’essai Adopter des définitions de cas multiniveaux pour saisir les cas testés uniquement avec des méthodes indépendantes de la culture; élaborer des critères qui sont nécessaires avant que les définitions de cas nationales soient modifiées en fonction de méthodes indépendantes de la culture; envisager la mise en œuvre initiale dans des systèmes géographiquement limités, tels que FoodNet Commencer immédiatement à collecter des données sur les cas ne répondant pas aux définitions de cas confirmées et modifier les systèmes de données pour recueillir des données de laboratoire plus détaillées. Recommander la culture réflexive de spécimens positifs dans les laboratoires cliniques Demander l’envoi de matériel clinique aux laboratoires publics de santé publique, en privilégiant les STEC et les salmonelles, selon les ressources disponibles Préparer les changements dans la pratique clinique en laboratoire en évaluant la nécessité de modifier les spécimens ou de les ajouter; Déterminer les détails de l’expédition, des médias, etc., pour être prêt à soumettre du matériel clinique aux laboratoires de santé publique. Abréviation: STEC, Escherichia coliView producteur de Shiga toxique Large

Partenariat avec l’industrie, les cliniciens et le milieu universitaire pour élaborer des méthodes de sous-typage qui fonctionneront indépendamment de l’isolement des agents pathogènes et préconiseront la création de sites de surveillance sentinelle. Plaidoyer pour un financement adéquat de la santé publique pour les activités de surveillance Epidémiologie: collecte et analyse accrues de données Laboratoires de santé publique: culture pour Salmonella, STEC et autres agents pathogènes sur du matériel reçu de laboratoires cliniques Propositions à long terme Établir des sites de surveillance sentinelle Assurer la soumission d’isolats pour la caractérisation de caractéristiques spécifiques. En partenariat avec l’industrie, les cliniciens et le milieu universitaire, élaborer des méthodes de sous-typage qui fonctionneront indépendamment de l’isolement des agents pathogènes et préconiser le financement du développement de ces techniques. Financement de la santé publique pour les activités de surveillance Epidémiologie: collecte et analyse de données amélioréesPhysiciens de santé publique: culture pour Salmonella, STEC et autres pathogènes sur du matériel reçu de laboratoires cliniques Abréviation: STEC, Escherichia coli producteur de Shiga toxique

Remarques

Avertissement

Le contenu de ce travail relève uniquement de la responsabilité des auteurs et ne représente pas nécessairement les points de vue officiels des Centres de contrôle et de prévention des maladies.

Aide financière

Cette publication a été soutenue en partie par le CDC des Centers for Disease Control and Prevention; Accord de coopération U / CD FoodNet est financé par le Bureau de la salubrité des aliments et le Programme des infections émergentes du CDC, le Service d’inspection et de salubrité des aliments du Département de l’agriculture des États-Unis et la Food and Drug Administration

Supplément de parrainage

Cet article a été publié dans le cadre d’un supplément intitulé «Études du Réseau de surveillance active des maladies d’origine alimentaire», parrainé par la Division des maladies d’origine alimentaire, hydrique et environnementale du Centre national des maladies infectieuses émergentes et zoonotiques des Centers for Disease Control et Prévention, et l’Association des laboratoires de santé publique

Conflits d’intérêts potentiels

Tous les auteurs: Aucun conflit rapporté Tous les auteurs ont soumis le formulaire ICMJE pour la divulgation des conflits d’intérêts potentiels Conflits que les éditeurs considèrent pertinents pour le contenu du manuscrit ont été divulgués

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