Escherichia coli entérohémorragique O: H / H-: un nouveau clone virulent émerge en Europe

Contexte Escherichia coli entérohémorragique EHEC O provoque la diarrhée et le syndrome hémolytique et urémique HUS Les souches hébergeant le gène stxa prévalent, mais les souches avec stxa comme seul gène codant pour la toxine Shiga émergent maintenant Les caractères et la virulence de la dernière série de souches sont inconnus Nous avons corrélé stxa Nous avons déterminé la phylogénie, la structure clonale et les profils de gènes plasmidiques des isolats et nous présentons la distribution géographique et temporelle des différents sous-groupes. Méthodes Les génotypes stx et les gènes plasmidiques ont été identifiés à l’aide de la réaction en chaîne de la polymérase. , la phylogénie a été assignée en utilisant un typage de séquence multilocus, et la parenté clonale a été établie en utilisant l’électrophorèse en champ pulsé. Résultats des isolats EHEC O,%,% et% possédés stxa, stxa, ou les deux gènes, respectivement. Odds ratio HUS,; % Intervalle de confiance, -; P & lt; comparés à d’autres génotypes stx Les souches stxa-porteuses sont constituées de groupes phylogénétiquement distincts définis par le type de séquence ST et ST. Les souches ST sont hautement conservées et correspondent par des gènes plasmidiques au nouveau clone virulent d’EHEC O qui est apparu en Allemagne. un clone est apparu dans les pays et représentait environ% de toutes les souches EHEC O hébergées par stxa isolées entre et Conclusions Un nouveau clone hautement virulent d’EHEC O est apparu en Europe Ses réservoirs et sources justifient une identification

Escherichia coli O entérohémorragique, nouveau clone, toxine Shiga, syndrome hémolytique et urémique Escherichia coli entérohémorragique EHEC provoque diarrhée, diarrhée sanglante, et le syndrome hémolytique et urémique HUS HUS, constitué d’anémie hémolytique, thrombocytopénie et insuffisance rénale aiguë , complique environ% EHEC O: H infections et est la cause la plus fréquente d’insuffisance rénale aiguë chez l’enfant Bien que E coli O: H soit la cause prédominante de SHU dans le monde , EHEC du sérotype O: H / H- nonmotile la souche EHEC la plus commune non-O causant des maladies humaines en Europe et aux États-Unis Elle a également été isolée de plus en plus de patients en Amérique du Sud , en Asie et en Australie. est aussi grave que celle causée par EHEC O: H [,,], et il ne semble pas y avoir de différence significative dans le résultat à long terme de SHU causé par EHEC non-O, y compris EHEC O et EHEC O Enfants souffrant de SHU causé par EHEC O et d’autres Les souches EHEC non-O sont plus jeunes que celles atteintes d’HUS causées par EHEC O: H La microangiopathie thrombotique causée par les toxines Shiga Stx, les principaux facteurs de virulence de l’EHEC, forme la base histopathologique du SHU EHEC O: H / H- produit, seuls ou ensemble, Stxa et Stxa codés par les gènes stxa et stxa, respectivement La plupart des souches EHEC O isolées des patients ne portent que stxa [,,,,], mais les souches possédant stxa comme seul gène stx. identifiés en Allemagne au milieu des années , ont été de plus en plus détectés dans toute l’Europe [,,, -] et le Nouveau Monde Cependant, les caractéristiques de ces isolats et leur potentiel à causer HUS par rapport à celle d’EHEC O Les génotypes stx n’ont pas été systématiquement étudiés. Nous avons corrélé les résultats cliniques de l’infection avec les génotypes Stx des isolats EHEC O, déterminé la phylogénie et la structure clonale des isolats, et représenté la répartition géographique et temporelle des différents sous-groupes dans différents pays européens. essais

Méthodes

Souches et patients

Deux cent soixante-douze souches EHEC O: H / H- ont été isolées entre janvier et septembre à partir de selles de patients épidémiologiquement non apparentés atteints de SHU n =, diarrhée sanglante n =, ou diarrhée non sanglante n = en Allemagne n =, Autriche n =, Italie n =, République tchèque n =, Belgique n =, Royaume-Uni n =, et Slovaquie n = Les caractéristiques démographiques des patients sont indiquées dans le tableau

Tableau Caractéristiques démographiques des patients Spécificité variable Sexe masculin /% Sexe féminin /% Enfants /% Adultes /% Âge, tous les patients, intervalle médian mois Âge, enfants, intervalle médian n = mois Âge, adultes, intervalle médian n = y – y Spécification variable Sexe masculin /% Sexe féminin /% Enfants /% Adultes /% Âge, tous les patients, intervalle médian mois Âge, enfants, intervalle médian n = mois Âge, adultes, intervalle médian n = y – y un sexe était inconnu chez les patients

Définitions de cas

La diarrhée était définie comme étant des selles liquides ou plus sans sang visible par jour et sanglante si le sang était visible à l’œil nu. L’information sur le nombre de selles par jour, la consistance des selles, la présence de mucus et / ou de sang visible et la durée de Les questionnaires ont été examinés non anonymement par le personnel du laboratoire. Le HUS était défini par un taux d’hématocrite de <%>, avec des frottis d’hémolyse intravasculaire, de thrombocytopénie et de numération plaquettaire ; / mm, et insuffisance rénale concentration de créatinine sérique supérieure à la limite supérieure de l’intervalle normal d’âge Les diagnostics cliniques basés sur les définitions de cas ont été fournis pour tous les patients par les médecins traitants

Caractérisation génotypique et phénotypique des isolats d’EHEC O

Les isolats ont été vérifiés comme E coli API E; bioMérieux, Marcy l’Etoile, Lyon, France et les sérotypes H O: H ont été confirmés en utilisant le génotypage fliC ; Toutes les souches, motiles et non motiles, possédaient le gène fliC codant pour l’antigène H Tous les génotypes stx, la présence d’intimin codant pour l’eae et les gènes plasmidiques étaient déterminés par PCR en chaîne par polymérase La production de Stx était confirmée par Vero cell

Typage de séquence multilocus

Le typage de séquence multilocus MLST a été construit sur des séquences de gènes de ménage , et les types de séquence ST ont été assignés http: // mlstuccie / mlst / dbs / Ecoli

Électrophorèse sur gel à champ pulsé

Électrophorèse en champ pulsé PFGE a été réalisée en utilisant le protocole PulseNet standard avec un sous-ensemble de souches représentatives géographiquement et temporellement. Les profils de restriction ont été analysés et l’analyse en grappes réalisée avec le logiciel BioNumerics, Applied Maths BVBA, Sint-Martens-Latem, Belgique Le dendrogramme a été généré en utilisant le coefficient de similarité Dice basé sur la bande% position de bande et% tolérance d’optimisation et la méthode de groupe de paire non pondérée avec des moyens arithmétiques

Test de sensibilité aux antimicrobiens

La sensibilité à l’ampicilline, céfuroxime, céfotaxime, cefpodoxime, ceftazidime, pipéracilline / tazobactam, tigécycline, méropénem, ​​gentamicine, amikacine, triméthoprime / sulfaméthoxazole, ciprofloxacine, fosfomycine et nitrofurantoïne a été testée en utilisant la méthode de diffusion sur disque selon EUCAST European Committee on Antimicrobial Susceptibility Testing points d’arrêt et recommandations standard

Analyses statistiques

L’analyse statistique a été effectuée en utilisant χ, la version exacte de Fisher EpiInfo ou Mann-Whitney U Tests IBM SPSS Statistics Two-tailed P values ​​& lt; ont été considérés comme significatifs

RÉSULTATS

Association entre les génotypes stx et les résultats cliniques de l’infection

Parmi les isolats EHEC O: H / H-,% possédaient stxa,% stxa et% stxa et stxa Tableau Parmi les souches contenant stxa,% ont été isolées chez des patients atteints de SHU et% de patients souffrant de diarrhée sans SHU, ce qui démontre association significative du génotype stxa avec un odds ratio de diarrhée non compliquée [OR],; % intervalle de confiance [CI], -; P & lt; comparé à HUS OR, % CI, -; P & lt; Tableau En revanche, parmi les isolats hébergés par stxa% proviennent des patients atteints de SHU, et% parmi les patients souffrant de diarrhée sans SHU, démontrant l’association statistiquement significative du génotype stxa avec HUS OR; % CI, -; P & lt; comparativement à la diarrhée non compliquée OU; % CI, -; P & lt; Tableau Les souches hébergeant à la fois stxa et stxa avaient le même potentiel de causer le SHU et la diarrhée. Tableau Les enfants étaient significativement plus fréquemment infectés avec des souches hébergeant stxa seulement de [%] que les adultes de [%] OR; % CI, -; P = En conséquence, chez les enfants, l’infection avait tendance à évoluer vers un SHU de [%] OR; % CI, -; P =; Tableau supplémentaire

Tableau Association entre les génotypes stx d’Escherichia coli entérohémorragique O: H / H- Isolats et résultats cliniques de l’infection Isolat Nbre d’isolats Nbre d’isolats provenant du résultat clinique OU% CI P Valeur pour HUSa HUS n = Diarrhée Non sanglante / Sanglante Sans HUS n =; / Stxa b / – P & lt; stxa stxa c / – P = stxa toutes les souches / – P & lt; stxa STd / -e P & lt; stxa STd / -e P & lt; Isoler Nombre d’isolats Nombre d’isolats À partir du résultat clinique OU% CI P Valeur pour HUSa HUS n = Diarrhée Non sanglante / Sanglante Sans HUS n =; / Stxa b / – P & lt; stxa stxa c / – P = stxa toutes les souches / – P & lt; stxa STd / -e P & lt; stxa STd / -e P & lt; L’analyse statistique a été réalisée en utilisant les χ textAbbreviations: CI, intervalle de confiance; SHU, syndrome hémolytique et urémique; OU, odds ratio; ST, type de séquence; stx, geneaP codant pour la toxine Shiga & lt; a été considéré comme significatifb Tous les isolats de patients HUS appartenaient à STc Tous les isolats de patients HUS appartenaient à STd Trois isolats stxa-positifs simples avec STs autres que ST ou ST STs, ont été exclus de l’analyse statistique Association avec HUS ST vs ST: OR; % CI, -; P = Voir grand

Phylogénie de EHEC O: H / H- avec différents génotypes stx

Deux ST majeures, et quelle part des loci MLST, et des variantes locus simples SLVs de ces STs ont été identifiées. Tableau, Tableau supplémentaire Presque toutes les souches portant stxa seulement de [%], et toutes les souches portant stxa et stxa, appartenaient à ST Table; les souches restantes du génotype stxa appartenaient respectivement à ST et ST, qui sont des SLV de ST Supplementary Table En revanche, les souches contenant stxa mais pas stxa étaient équitablement réparties entre ST de [%] et ST de [%] Table; les souches appartenaient à ST, ST et ST dans chaque tableau, qui sont des SLV de ST ST et ST et ST ST Tableau supplémentaire Ainsi, les souches EHEC O: H / H- hébergeant stxa seules ou en combinaison avec stxa sont positionnées phylogénétiquement dans le même gène génétique. Les souches stxa mais non stxa sont constituées de groupes phylogénétiques distincts mais étroitement apparentés. Parmi ces groupes caractérisés par ST et ST, ST et ses SLV ST et ST et ST SLV de ST sont uniques pour ces souches. Table

Tableau Phylogénie de Escherichia coli entérohémorragique O: H / H- Souches avec différents génotypes stx basés sur la séquence multilocus Typage stx Génotype N ° de souches appartenant à la séquence Typea Souches ST ST STb STc STc STb Stc stxa stxa stxa souches Souche total stx Génotype N de Souches appartenant à la séquence Typea Souches ST ST STb STc STc STb STc stx stxa stxa stxa Souches totales Abréviations: ST, type de séquence; stx, génotypes codant pour la toxine Shiga Les profils alléliques des différentes ST sont présentés dans le tableau supplémentaire b Variant locus unique de STc Variante locus unique de STView Large

Profils de gènes plasmidiques

Nous présentons des souches EHEC O: H / H- de plasmides génotypés stxa appartenant à différentes STs pour fournir une caractérisation plus profonde, en mettant l’accent sur la présence de la combinaison de gènes plasmidiques unique trouvée précédemment dans le nouveau clone EHEC O allemand de stxa. de [%] souches ST possédaient la combinaison de gènes plasmidiques typique du nouveau clone EHEC-hlyA / katP- / espP- / etpD; en revanche, cette combinaison n’a été trouvée dans aucune autre table STs Des différentes combinaisons de gènes plasmidiques dans ST, la plus fréquente des souches [%] était EHEC-hlyA / katP / espP / etpD- Tableau Cette combinaison a également été trouvée dans les souches de ST Ainsi, d’après les profils des gènes de la phylogénie et du plasmide, l’EHEC O hébergeant stxa est constitué de sous-groupes majeurs: i les souches de ST, les souches de ST et les souches de ST; qui contiennent généralement EHEC-hlyA et etpD, mais pas espP et katP, et appartiennent au nouveau clone allemand EHEC O, et ii souches de ST, qui diffèrent phylogénétiquement et par des profils de gènes plasmidiques de souches de ST Les deux groupes ont montré un risque important de progression de l’infection à HUS ST: OR; % CI, -; P & lt; ; ST: OU,; % CI, -; P & lt; ; Tableau Bien que ST ait un OR plus élevé en termes d’association HUS que ST, il n’y avait pas de différence statistiquement significative entre ces ST dans leur association avec HUS OR; % CI, -; P =; Tableau En outre, l’âge des enfants ayant développé un SHU après une infection avec des souches de ST médiane, mois [mois, mois] et ST médiane, mois [intervalle, – mois] ne différait pas significativement P =, test U Mann-Whitney, et sexe a été également réparti parmi les groupes P =, Mann-Whitney U test

Profils plasmidiques du plasmide entérohémorragique O: H / H- du génotype stxa appartenant à différents types de séquences Ordre des gènes de la plasmide ST Ordre des souches EHEC-hlyA / katP / espP / etpDa Total / – / – / b /// – / – / – / – / – // – // – / – – / – / – / – ST ST ST ST ST Souches total ST Plasmide Gène Génique Ordre Ordre EHEC-hlyA / katP / espP / etpDa Souches Total / – / – / b /// – / – / – / – / – // – // – / – – / – / – / – ST ST ST ST ST Souches totales Abréviations:, gène présent; -, gène absent; EHEC, Escherichia coli entérohémorragique; ST, séquence typée La présence des gènes plasmidiques EHEC-hlyA, katP, espP et etpD codant l’hémolysine EHEC, la catalase-peroxydase, la sérine protéase EspP, et le système de sécrétion de type II, respectivement, a été déterminée à l’aide de la réaction en chaîne par polymérase. nouveau clone allemand EHEC O Agrandir

Structure clonale de EHEC O hébergeant stxa O: H / H-

Toutes les souches sauf ST et ST appartenaient à des clusters définis par PFGE Figure Cluster A comprenait toutes les souches ST et l’unique isolat ST, avec une similitude totale% Figure ST souches appartenaient aux clusters B n = et C n = La similitude entre et à l’intérieur les clusters B et C étaient respectivement% et% et%. Figure Ainsi, les souches de ST le nouveau clone étaient plus étroitement liées les unes aux autres que les souches des autres ST Curieusement, dans chacun des groupes B et C il y avait des souches étroitement Similitude & gt;% ou même profils d’ECP identiques malgré leur récupération à différentes années et / ou dans différents pays Figure Les données PFGE suggèrent l’origine clonale des souches ST et démontrent que le nouveau clone EHEC O est hautement conservé, conformément à sa récente émergence

Figure

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Dendrogramme de l’électrophorèse sur gel en champ pulsé XbaI Isolats d’Escherichia coli O entérohémorragiques hébergeant uniquement stxa et appartenant à différents types de séquences STs Les isolats sont des représentants de souches de tous les pays et de toute la période d’étude aux souches ST et ST locus de dactylographie; les autres ST sont des variantes de locus uniques de ST ou ST Tableau supplémentaire Le dendrogramme a été créé par une méthode de groupe de paires non pondérée avec des moyennes arithmétiques dans le logiciel BioNumerics Coefficient de similarité de dés; les paramètres de tolérance de position étaient les suivants: optimisation%; tolérance %; H & g%; S & gt;%; Pour concevoir des motifs, toute différence de bande discernable a été prise en compte selon les critères de PulseNet. Les grappes assignées A, B et C sont indiquées entre parenthèses. Le degré de similarité% est indiqué sur l’échelle en haut à gauche de la figure. patrons d’ECP identiques pays et année d’isolement entre parenthèses: Allemagne et ED / Italie; /, / Allemagne et EH / Autriche,; / et – Allemagne, et, respectivement; / – Allemagne et ED / Italie,; LB / et LB- / Allemagne, et, respectivement, Abréviations: CR, République tchèque; G, Allemagne; PFGE, électrophorèse sur gel à champ pulsé; ST, type de séquence

Figure

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Dendrogramme de l’électrophorèse sur gel en champ pulsé XbaI Isolats d’Escherichia coli O entérohémorragiques hébergeant uniquement stxa et appartenant à différents types de séquences STs Les isolats sont des représentants de souches de tous les pays et de toute la période d’étude aux souches ST et ST locus de dactylographie; les autres ST sont des variantes de locus uniques de ST ou ST Tableau supplémentaire Le dendrogramme a été créé par une méthode de groupe de paires non pondérée avec des moyennes arithmétiques dans le logiciel BioNumerics Coefficient de similarité de dés; les paramètres de tolérance de position étaient les suivants: optimisation%; tolérance %; H & g%; S & gt;%; Pour concevoir des motifs, toute différence de bande discernable a été prise en compte selon les critères de PulseNet. Les grappes assignées A, B et C sont indiquées entre parenthèses. Le degré de similarité% est indiqué sur l’échelle en haut à gauche de la figure. patrons d’ECP identiques pays et année d’isolement entre parenthèses: Allemagne et ED / Italie; /, / Allemagne et EH / Autriche,; / et – Allemagne, et, respectivement; / – Allemagne et ED / Italie,; LB / et LB- / Allemagne, et, respectivement, Abréviations: CR, République tchèque; G, Allemagne; PFGE, électrophorèse sur gel à champ pulsé; ST, type de séquence

Distribution géographique et temporelle des souches EHEC O ST

Les souches EHEC O ST ont été récupérées dans le tableau des pays et à toutes les années sauf celles de l’étude. Figure Il y avait des variations interannuelles considérables dans la proportion relative des souches ST parmi toutes les EHEC O résidant dans la figure A et dans la distribution spatiale de ces isolats. en Allemagne, des souches de ST ont été isolées pendant toute la période d’étude, sauf que leur isolement dans les autres pays était intermittent. Figure B

Proportions de la table des souches du nouveau clone ST parmi toutes les souches d’Escherichia coli entérohémorragiques stxa-portantes isolées dans différents pays européens, – Isolats d’EHEC O du pays stxa-portant Total Non% de ST Non% d’autres ST Autriche ST: Belgique ST: République tchèque ST: Allemagne STs,,,: Italie ST: Slovaquie Royaume-Uni a ST: Total Pays stxa-Harbouring EHEC O Isolates Total Non% de ST Non% d’autres STs Autriche ST: Belgique ST: République Tchèque ST: Allemagne STs,,, : Italie ST: Slovaquie Royaume-Uni a ST: Total Abréviations: EHEC, Escherichia coli entérohémorragique; ST, type de séquence; stxa, génotype de Shiga toxine a-coding Une souche provenait d’Angleterre et d’IrlandeView Large

Figure Vue largeDownload distribution temporelle et géographique de Escherichia coli entérohémorragique stxa-hébergeant EHEC O appartenant au type de séquence ST nouveau clone et autres STs ST, ST, ST, ST dans les pays européens pendant A, proportions relatives de souches ST parmi tous stxa-hébergeant EHEC O isolats des pays de différentes années B, nombre de souches ST nouveau clone par année et pays Abréviation: ST, type de séquenceFigure View largeDownload distributionTemporelle et distribution géographique de Escherichia coli entérohémorragique stoa-porteuse EHEC O appartenant au type de séquence ST nouveau clone et Autres STs ST, ST, ST, ST dans les pays européens pendant A, Proportions relatives des souches ST parmi tous les isolats EHEC O hébergeant stxa des pays des différentes années B, Nombre de souches ST nouveau clone par année et pays Abréviation: ST , type de séquence

Susceptibilités Antibiotiques de EHEC O hébergeant Stxa de Différentes STs

Vingt-trois souches et souches ST des autres ST sélectionnées pour couvrir toute la région et la période d’étude ont été testées pour leur sensibilité aux antimicrobiens Vingt souches ST, ST et ST, ST et ST étaient sensibles à tous les antimicrobiens testés. était résistante à l’ampicilline, au céfuroxime, au cefpodoxime, au tazobactam / pipéracilline et au triméthoprime / sulfaméthoxazole et avait une sensibilité intermédiaire au céfotaxime. Les souches ST restantes étaient résistantes à l’ampicilline n =; l’un d’entre eux avait une sensibilité intermédiaire à la tigécycline et à la ciprofloxacine ou à l’amikacine n = Il n’y avait donc pas de corrélation entre les ST et les profils de résistance aux antimicrobiens

DISCUSSION

un isolat plutôt que ST de l’EHEC O est un prédicteur du développement HUS chez les individus infectés. Pourquoi un EHEC O est-il un clone réussi? Nous supposons que la capacité de l’EHEC O du nouveau clone à perdre le bacteriophage stxa-hébergeant pourrait contribuer à son succès évolutif L’état lysogène est potentiellement suicidaire car il rend la bactérie sujette à la lyse par des stimuli présents dans son environnement, y compris le système digestif humain. Par conséquent, l’absence du stx-phage pourrait non seulement augmenter l’adaptabilité des pathogènes en dehors du hôte, mais aussi leur permettre d’éviter la lyse dans l’intestin humain. Ces variants EHEC O stx-négatifs représentent alors des cibles appropriées pour la lysogénisation par des phages hébergés stx libérés d’autres EHEC lors de l’infection, ce qui pourrait faciliter l’émergence d’EHEC hautement virulente. entre EHEC O et leurs variants stx-négatifs, médiée par le recyclage des gènes stxa via la perte et le gain de bactériophages , pourrait encourager l’eme Bien qu’un scénario similaire ait été proposé pour l’émergence de la souche épidémique EHEC O: H , le nouveau clone EHEC O et la souche O: H sont des pathogènes clairement distincts, qui partagent la même Les différents potentiels de virulence de l’EHEC O hébergeant stxa et stxa, respectivement, offrent des opportunités cliniques. En particulier, le génotypage rapide des souches d’EHEC O chez les patients souffrant de diarrhée pourrait définir le risque de progression de la maladie vers le SHU et justifier la poursuite de la prise en charge des patients infectés par EHEC O hébergeant stxa, comme cela est recommandé pour les patients infectés par EHEC O: H [,,] Cependant, parce que EHEC O abritant stxa ou stxa et stxa peuvent aussi causer HUS Table [,,,,], une analyse individuelle de chaque cas particulier basée sur des paramètres cliniques est nécessaire pour une décision finale sur l’approche thérapeutique. Il existe une perte ex vivo ou intra-hôte du gène stxa qui pourrait indûment classer un isolat comme présentant un faible risque. Dans ce contexte, nous souhaitons noter que bien que nous ayons analysé l’EHEC O type stx-hébergeant, ce fait est peu probable. pour biaiser nos résultats vers une signification accrue du nouveau clone, parce que la perte stxa, que nous avons observée dans nos études précédentes s’est produite dans EHEC O de ST D’où, le rôle émergent du nouveau clone dans HUS pourrait être sous-estimé dans Notre étude En outre, il est peu probable que la co-infection avec un autre EHEC, en particulier EHEC O, ait influencé l’évolution de la maladie, en particulier chez les patients EHEC. O Seuls les patients avaient une souche EHEC supplémentaire dans leurs selles, et ces souches étaient distribués également chez les patients atteints de SHU n = et de diarrhée non compliquée n = Bien que les stratégies thérapeutiques reposent principalement sur la présence du génotype stx en tant que facteur de risque général pour le développement du SHU, l’identifi Le traitement d’un isolat EHEC O en tant que membre du nouveau clone est urgent pour les mesures de contrôle de l’infection. Pour ce faire, MLST est nécessaire, en plus du sous-typage stx. Pour accélérer le diagnostic de EHEC O ST, nous développons PCR en multiplex temporel pour une détection rapide et spécifique de ce pathogène Il est important de noter que les souches ST n’ont pas de structure typique de résistance aux antibiotiques, ce qui ne permet pas d’identifier le nouveau clone. sensibles à un large éventail d’antimicrobiens, ces agents ne sont généralement pas recommandés pour le traitement des patients infectés par EHEC confirmés ou soupçonnés, car il n’existe aucune preuve crédible que les antimicrobiens préviennent le SHU, et il existe de nombreuses données à l’appui de ces résultat défavorable La variation interannuelle de la récupération des souches du nouveau clone pourrait refléter une exposition variable de la population à une source / re servoir de ces organismes Les bovins, un important réservoir d’EHEC, sont également des réservoirs pour EHEC O [,,], mais EHEC O hébergeant stxa et / ou appartenant à ST n’ont été que rarement isolés des bovins [,,] De plus, ces souches ont été rarement identifiés dans les aliments , ce qui rend difficile l’analyse des risques d’infection causée par l’EHEC O, bien que certaines données suggèrent une source bovine Amélioration des connaissances sur la source de ces infections, nécessitant une collaboration étroite En conclusion, dans cette plus grande étude analysant le rôle de l’EHEC O en tant que pathogène humain, nous avons identifié le nouveau clone EHEC O trouvé en Allemagne dans le s une cause émergente du SHU en Europe Ces données devraient inciter à des efforts pour identifier les réservoirs et les sources de ces pathogènes et mettre en œuvre des approches de diagnostic rapide pour leur détection.

Remarques

Remerciements Nous remercions Phillip Ier Tarr Université Washington School of Medicine, St Louis, Missouri pour une discussion approfondie et fructueuse du manuscrit. L’assistance technique habile de Ralph Fischer, Andrea Lagemann, Nadine Brandt, Isabell Höfig, et Ursula Koeckevoet est grandement appréciée. a été soutenu par le numéro de subvention ERA-NET PathoGenoMics II du réseau européen, le numéro de subvention ME / – de la Deutsche Forschungsgemeinschaft, le numéro de subvention EU FP ANTIGONE, l’activité transversale du ministère fédéral de l’éducation et de la recherche PBA-Zoo et le Faculté de Médecine de l’Université de Münster numéro de subvention BDPotential conflits d’intérêts Tous les auteurs: Pas de conflits potentiels Tous les auteurs ont soumis le formulaire ICMJE pour la divulgation des conflits d’intérêts potentiels Conflits que les éditeurs considèrent pertinents pour le contenu du manuscrit ont été divulgués |

Méthodes de surveillance des maladies utilisées dans l’étude de cohorte -Site MAL-ED

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