Étiologie de la diarrhée dans un service d’urgence pédiatrique: une étude cas-témoin

Contexte L’étiologie de la diarrhée infantile est souvent inconnue. Méthodes Nous avons recherché Aeromonas, Campylobacter, Escherichia coli O157: H7, Pleisiomonas shigelloides, Salmonella, Shigella, Vibrio et Yersinia par culture, adénovirus, astrovirus, norovirus, rotavirus et E coli producteurs de shigatoxines. STEC; par immunodosage enzymatique, Clostridium difficile par cytotoxicité, parasites par microscopie et E. coli entéroagrégatif EAEC; par réaction de polymérase en chaîne [PCR] dans les selles de 254 enfants souffrant de diarrhée se présentant à un service d’urgence pédiatrique Les contrôles communautaires appariés par âge et par région sans diarrhée n = 452 ont été étudiés de manière similaire, sauf les cultures bactériennes Vingt-neuf cas de 114% contenant 13 salmonelles, 10 sérotypes STEC 6 O157: H7 et 4 sérotypes non O157: H7, 5 Campylobacter et 2 EAEC définies par PCR Shigella étaient présents plus souvent dans le cas de 32% que dans le contrôle 09% odds ratio ajusté [OR], 39; Les rotavirus, les astrovirus et les adénovirus étaient plus fréquents chez les cas que chez les témoins, mais les deux groupes contenaient des norovirus et du C difficile à des taux similaires. La preuve de l’hypervirulence C difficile était trouvé dans les cas et les selles de contrôle; Les EAEC sont associées à la diarrhée infantile à Seattle, mais la meilleure façon d’identifier ces agents justifie la détermination. Les enfants sans diarrhée hébergent des agents pathogènes diarrhéiques, y compris le C difficile hypervirulent. Nos données confirment l’importance de prendre en compte la sensibilité de l’hôte, la densité microbienne et les caractères de virulence des organismes dans les futures études de cas-témoins, ne se limitant pas à classer les pathogènes candidats comme étant présents ou absents

L’étude de la diarrhée aiguë chez l’enfant présente 2 défis majeurs: ce trouble échappe souvent à la détermination étiologique [1-5], et de nombreux agents pathogènes diarrhéiques détectés dans les selles ont une signification causale indéterminée. 6% des selles diarrhéiques contenaient de la cytotoxine Clostridium difficile [1], mais le rôle de C difficile dans la diarrhée infantile est un problème complexe car les selles de nombreux nourrissons et enfants en bonne santé contiennent cet organisme [6, 7] -contrôle de l’étiologie de la diarrhée au même endroit pour déterminer si des agents pathogènes candidats tels que le C difficile et l’EAE d’Escherichia coli entéro-agrégative sont, en fait, associés à la diarrhée

Méthodes

Conception d’étude et inscription

Cette étude cas-témoins prospective a été approuvée par les SCH et les commissions d’examen de l’Université de Washington. Les sujets présentant des cas de diarrhée ont été hospitalisés entre novembre 2003 et novembre 2005 dans l’établissement de SCHED avec plus de 60 000 consultations pendant cet intervalle. Les familles ont fourni des données démographiques, des caractéristiques de la maladie, des médicaments et des antécédents de voyage sur des questionnaires standardisés sur lesquels on a répondu que répondre au questionnaire signifiait le consentement à la participation.Les contrôles ont été recrutés avant et pendant l’enrôlement dans une cohorte de réserve. Le comté de King, qui comprend Seattle et sa banlieue, et le sud du comté de Snohomish, dans l’État de Washington, où résident près de 90% des patients atteints de SCHED, ont affiché des documents de recrutement multilingues décrivant l’étude [8]; Pour chaque sujet de cas, un algorithme informatique a sélectionné 2 contrôles communautaires de la cohorte de réserve de contrôle, appariés séquentiellement au code postal de résidence le plus proche du patient afin de réduire les facteurs confusionnels selon la géographie et la démographie, l’âge le plus proche ± Un des deux assistants de recherche a appelé les familles de chaque contrôle sélectionné par ordinateur pour expliquer l’étude, déterminer l’admissibilité, obtenir le consentement et administrer les mêmes questions de voyage et de médicaments que celles utilisées pour les cas. une fois et étaient inéligibles s’ils avaient eu la diarrhée dans les 30 jours précédents ou avaient un frère ou une soeur choisi comme témoin pour le même cas Les contrôles qualificatifs ont ensuite été envoyés un gobelet stérile, un «chapeau», une boîte isolée, des briques aqueuses et des instructions Pour congeler les briques Les selles de contrôle ont été placées dans la tasse et retournées dans la boîte fournie avec les briques congelées er au laboratoire de microbiologie clinique SCH Une petite reconnaissance monétaire a été fournie en remerciement des données du recensement américain de participation [9] et des distances de conduite du code inter-zip Google Maps, http: // mapsgooglecom / mapshl = fr & amp; tab = wl le 12 avril 2012 ont été utilisés pour estimer les revenus médians des ménages et les distances médianes entre les cas et les témoins correspondants, respectivement

Analyse de laboratoire

Les nouveaux cas et témoins ont été évalués pour le STEC E coli productrice de Shiga-toxine Stx en utilisant un dosage immunoenzymatique Stx EIA sur des cultures de bouillon pendant la nuit, des parasites par microscopie et C difficile par cytotoxicité, et étalés sur gélose MacConkey; Les selles ont été cultivées pour des bactéries généralement considérées comme des espèces d’Aeromonas diarrhéiques, des espèces Campylobacter, STEC O157: H7, Pleisiomonas shigelloides, des espèces Salmonella, Shigella, Vibrio et Yersinia [10, 11] Les selles ont ensuite été congelées à -80 ° C lot-tests pour les adénovirus, les astrovirus, les norovirus 1 et 2, et les kits IDEIA EIA rotavirus K6021, K6042, K6043, K6020, respectivement, Dako, Carpinteria, Californie Les STEC non-O157: H7 ont été récupérés par isolement, puis testés jusqu’à 20 [10] Nous avons identifié l’EAEC par PCR en testant 3 colonies par sujet pour les conditions aatA et aggR et les amorces dans le tableau supplémentaire 1, sous réserve de disponibilité des colonies Tableau complémentaire 2 La PCR stx1 et stx2 a été réalisée sur des cultures pures de colonies uniques de tous les STEC O157: H7 et non-O157: H7 et de 8 pools de colonies d’ADN extrait par EAECWe QIAmp, Qiagen, Valencia, Californie, à partir de selles Nous avons ensuite utilisé la PCR avec des amorces spécifiques du gène de l’ARN ribosomal universel 16S bactérien UB16S et du gène CD16S de l’ARN 16S du C difficile et, si elles étaient présentes, des toxines C difficile. tcdA et B tcdB, toxine binaire cdtA et cdtB, et tcdC tcdC intacte ou supprimée, en l’absence de C difficile est associée à une expression accrue des toxines A et B. Nous avons également testé 22 selles cytotoxiques négatives de témoins qui ont été appariés à des cytotoxines. cas positifs pour CD16S utilisant la même méthodologieNous avons examiné les cellules individuelles pour déterminer leur phénotype d’adhérence Les cellules HeLa ont été cultivées en proche confluence dans du DMEM Dulbecco modifié avec 10% de sérum fœtal de veau inactivé à la chaleur ΔFCS dans des lames de verre 5% CO2, 37 ° C Bactéries ont été cultivés à 37 ° C pendant une nuit dans un bouillon Luria-Bertani LB sous agitation dans des conditions aérobies, et 03 ml ont été ajoutés à 27 ml de bouillon LB frais et cultivés sous Les conditions pendant 6 heures, lavées dans du DMEM, et suspendues dans des milieux d’adhérence DMEM contenant 5% de ΔFCS et 05% de D-mannose, qui a ensuite été ajouté à la chambre glisse après avoir retiré les milieux sous lesquels les cellules HeLa croissaient. , 5% CO2, 37 ° C, nous avons aspiré les milieux d’adhérence et lavé les monocouches 3 fois avec du DMEM Après avoir ajouté des milieux d’adhérence frais et incubé 3 heures de plus dans les mêmes conditions, nous lavons les cellules 3 fois avec du tampon phosphate [PBS] , et fixé 100% de méthanol froid, 5 minutes et coloré 05% cristal violet avant d’appliquer une lamelle Un observateur ignorant l’identité des bactéries dans chaque chambre a marqué les essais comme non adhérent ou adhérent et a noté les caractéristiques des positifs Positif et négatif témoins étaient des souches d’E. coli EAEC O42 et ORN172, respectivement. Seuls les sujets dont les spécimens ont été testés complètement pour tous les organismes d’intérêt STEC et virus par EIA, C difficile par cytotoxicité, parasites par microscopie , et EAEC par PCR pour les cas et les témoins, les pathogènes bactériens classiques par culture pour les cas ont été inclus dans cette analyse

Analyses statistiques

Nous avons modélisé la puissance avec différentes tailles potentielles d’échantillons et d’effets; Avec des tailles d’échantillon de 250 cas et 450 sujets témoins, le projet avait 74%, 89% et 95% de chances de trouver des différences de 2%, 3% et 4% de fréquence dans le groupe de cas comparé au groupe témoin. STATA version 11 Statacorp, College Station, Texas pour mesurer les associations entre l’organisme et l’état des cas et les analyses de régression logistique conditionnelle pour calculer les odds ratios appariés univariés et les intervalles de confiance à 95%. variable, nous avons calculé ORs ajustés aOR et IC à 95% en utilisant des modèles logistiques conditionnels multivariés qui incluaient des variables associées à l’état de la maladie dans nos données ou, si les cellules ne contenaient pas ou 1 sujet, nous calculions les valeurs P en utilisant la version exacte de McNemar test de pexact

RÉSULTATS

Nous avons inscrit 254 cas et 452 témoins appariés Tableau 1; moyenne, 18 témoins appariés par cas; écart-type, 05; intervalle, 1-4 Une médiane de 39 jours s’est écoulée entre la réception des selles de cas et leurs selles de contrôle correspondantes intervalle interquartile, 40; intervalle, 8-121 cas ont été appariés à des témoins vivant dans le même 31%, contigu 36%, ou adjacent à un code postal contigu de 14%; la distance médiane entre les codes postaux de résidence des cas et les témoins appariés était de 119 km. Les codes postaux des témoins avaient des revenus moyens plus élevés que ceux des cas, et il y avait une plus grande proportion de blancs parmi les témoins et les hispaniques, mais aucune autre différence significative. entre groupes Pour ces raisons, nous avons ajusté le revenu moyen par code postal, race et origine ethnique dans les analyses de régression multivariées.

Tableau 1Caractéristiques démographiques et spécimens des cas et des témoins Cas caractéristique n = 254 Témoin n = 452 P Sexe féminin 121 476 216 481a 95 Âge, mois médians 20 10-46 2411-49 49 Raceb Blanc 142 580 345 770 <001 Asie / Pacifique Insulaire 28 114 56 125 Afro-américain 25 98 39 86 Amérindien 10 48 8 18 Autre 44 173 42 93 Ne sait pas 26 102 2 04 Pas de réponse 9 35 4 09 Hispanique 69 272 70 155 & lt; 0001 Ne sait pas 13 52 2 04 Pas de réponse 0 0 3 07 Revenu moyen du ménage du codec postal 54 099 $ 55 849 02 Caractéristique Cas n = 254 Contrôle n = 452 P Sexe féminin 121 476 216 481a 95 Âge, mois médians 20 10-46 2411-49 49 Raceb Blanc 142 580 345 770 & 001 Asie / Océanien 28 114 56 125 Afro-américain 25 98 39 86 Amérindien 10 48 8 18 Autre 44 173 42 93 Ne sait pas 26 102 2 04 No res réponse 9 35 4 09 Origine ethnique hispanique 69 272 70 155 & 0001 Ne sait pas 13 52 2 04 Pas de réponse 0 0 3 07 Revenu moyen du ménage du codec postal 54 099 $ 55 849 02 Les données sont exprimées en% ou en intervalle interquartile médian, sauf indication contrairea Sexe non fourni pour 3 témoinsb Pourcentages dépassant 100 en raison des réponses multiples de certains sujets P valeur pour la comparaison du blanc au non-blanc D'après les données du recensement américain de 1999 sur le revenu médian des ménages dans le code postal de résidence des participantsVue LargeTwenty- neuf cas de cas à 114% contenaient 30 agents pathogènes bactériens: 13 Salmonella 5 Salmonella sérovar Typhimurium, 2 Salmonella serovar Heidelberg et 1 chaque Salmonella subgenus I Groupe B 4 512: i, - Sous-espèce Salmonella I sérotype 4,12,: I, -, Salmonella sérovar Newport, Salmonella sérovar Minnesota, Salmonella sérovar Enteritidis, et Salmonella sérovar Brandenburg, 10 STEC, 5 Campylobacter dont 1 non-jejuni, et 2 Shigella sonneiLe single spe cimen qui était négatif sur l'EIA STEC mais qui contenait E coli O157: H7 sur la plaque d'agar de sorbitol MacConkey correspondante possédait les gènes stxl et stx2 Tableau supplémentaire 4; une culture de bouillon pur de cet isolat était positive dans l'EIA Les selles contenant STEC O26: H11 et O111: nonmotile contenaient également le rotavirus et le S serovar Brandenburg, respectivement, alors que celles qui contenaient STEC O121: nonmotile, O177: nonmotile, et O157: H7 Tableau 2, 3 et tableau complémentaire 4 La signification statistique des différences de positivité entre les STEC chez les cas et les témoins variait de pexact = 13 pour les non-O157: H7 globalement, à pexact = 50 pour les non-O157: H7 où aucun autre organisme d'intérêt n'a été identifié, pexact = 06 pour les 5 cas de STEC O157: H7 identifiés par Stx EIA Nous excluons nécessairement le sixième cas identifié seulement par le dépistage SMAC agar de cette analyse particulière car les contrôles n'ont pas été criblés de manière similaire

Tableau 2 Résultats du contrôle de la concentration pour les organismes d’intérêt pathogènes établis ou probables Nombre de cas positifs% de témoins positifs% non ajusté OU 95% CI ajusté ORa 95% CI STEC EIA positifb 9 35 0 P = 004c O157: H7d 5 20 0 P = 06c Non-O157: H7e 4 16 0 P = 13c CEEA 8 31 4 09 34 9-119 39 11-137 aatA 7 28 4 09 29 8-106 34 9-126 aggR 5 20 3 07 28 6-132 37 8- 170 C difficile tous les âges 14 55 28 62 09 5-19 09 4-2 C difficile & 36 mois 9 52 26 88 06 3-13 06 2-14 C difficile ≥ 36 mois 5 63 2 13 46 8-27 43 7-254 Parasites anyf 1 04 16 35 P = 0003c Astrovirus 11 43 7 16 31 12-81 36 13-10 Adénovirus 8 32 4 09 38 11-133 39 11-149 Norovirus 1 4 16 1 02 P = 38c Norovirus 2 5 20 15 33 06 2-16 09 3-26 Rotavirus 110 433 1 022 P & lt; 0001c Pathogènes établis ou candidats Nombre de cas positifs% Nombre de contrôles positifs% non ajusté OU 95% CI ajusté ORa 95% CI STEC EIA positifb 9 35 0 P = 004c O157: H7d 5 20 0 P = 06c Non-O157: H7e 4 16 0 P = 13c CEEA 8 31 4 09 34 9-119 39 11-137 aatA 7 28 4 09 29 8-106 34 9-126 aggR 5 20 3 07 28 6-132 37 8-170 C difficile tous les âges 14 55 28 62 09 5-19 09 4-2 C difficile & 36 mois 9 52 26 88 06 3-13 06 2-14 C difficile ≥ 36 mois 5 63 2 13 46 8-27 43 7-254 Parasites anyf 1 04 16 35 P = 0003c Astrovirus 11 43 7 16 31 12-81 36 13-10 Adénovirus 8 32 4 09 38 11-133 39 11-149 Norovirus 1 4 16 1 02 P = 38c Norovirus 2 5 20 15 33 06 2-16 09 3-26 Rotavirus 110 433 1 022 P & lt; 0001c Certains spécimens de ces sujets contenaient> 1 organisme cible Les détails des infections doubles, et des caractéristiques des sujets et de leurs maladies, sont fournis ici et dans les tableaux supplémentaires 2-4 Les rapports de cotes varient selon le nombre spécifique de cas positifs et contrôles dans les ensembles appariés et non appariés Abréviations: IC, intervalle de confiance; CEEA, E coli entéroagrégatif; EIA, immunodosage enzymatique; OU, odds ratio; STEC, E colia produisant la toxine Shiga Ajusté pour le revenu moyen par code postal, race et ethnicitéb Ceux-ci sont définis comme sujets dont les cultures en bouillon ont été testées positives pour la toxine Shiga par EIA et dont une non O157: H7 ou O157: H7 Le STEC a été récupéré mais n’inclut pas le sujet additionnel dont les selles contenaient du STEC O157: H7 tel qu’identifié sur la gélose MacConkey au sorbitol, mais dont le test de toxine était négatif. Pour les organismes où aucun ou seulement 1 spécimen du test était positif, nous présentons des valeurs P exactes. Version du test de McNemar, plutôt que des ORs et des CIsd Ils sont définis comme des sujets dont les cultures en bouillon ont été testées positives pour Stx par EIA et dont un STEC O157: H7 a été récupéré mais n’inclut pas le sujet additionnel dont les selles contenaient STEC O157: H7 comme indiqué sur la gélose au sorbitol MacConkey, mais dont le test de toxine a été négatif. Ceux-ci sont définis comme des sujets dont les cultures en bouillon ont été testées positives pour Stx par EIA et à partir desquelles un STEC non-O157: H7 a été récupéré. oridia 1 cas et 6 sujets témoins, sujets témoins Entamoeba coli 6, sujets témoins Blastocystis hominis 1, sujets témoins Endolimax nana 2 et Giardia lamblia et E nana 1 sujets témoins

64 6 2 7 14 EAECi 8 54 63 50 63 25 63 7 2 25 25 Astrovirus 11 56 82 73 73 18 45 8 3 0 18 Adénovirus 8 38 38 88 75 0 38 6 4 0 0 Rotavirus 110 22 81 96 48 7 42 8 2 5 3 Norovirus 1 4 144 0 75 75 25 25 8 3 0 25 Norovirus 2 5 39 40 100 100 20 100 8 1 0 20 Nombre total de pathogènes établis ou candidats j 174 36 73 86 59 20 46 8 3 7 14 Tous les patients plusieurs pathogènes établis ou candidats 17 40 65 88 47 24 65 7 2 12 18 Tous les patients sans agents pathogènes établis ou candidats 80 38 56 58 55 21 36 5 3 8 5 Tous les patients 254 37 68 77 58 20 43 7 3 7 11 Symptômes les signes sont familiaux / auto-déclarés sur le questionnaire. Abréviations: CEEA, E coli entéro-agrégative; STEC, E coli productrice de Shiga-toxine; Pourcentages calculés en divisant le nombre de sujets ayant répondu «oui» par le nombre total de sujets dans le groupe, y compris ceux qui répondaient «ne sait pas» ou laissaient la réponse vide et se multipliaient par 100, et représentent donc des valeurs minimalesc Nombre médian de selles dans la période de 24 heures avant le service d’urgence du CHU de Seattle, parmi ceux qui fournissent une réponse autre que «ne sait pas» n médian des jours de diarrhée avant la visite SCHED , parmi ceux fournissant une réponse autre que «ne sait pas» e À l’extérieur des États-Unis ou du Canadaf Défini comme des globules blancs identifiés dans les selles par la coloration de Gram ou wetg Comprend les patients infectés par STEC O157: H7 n = 6, O26 : H11, O111: nonmotile, O121: nonmotile, et O177: nonmotile n = 1 chaque cas infecté par des STEC sont les sujets dont les cultures en bouillon ont été testées positives à la toxine Shiga par le dosage immuno-enzymatique EIA et f d’un STEC O157: H7 ou O157: H7 non récupéré, ou dont la culture sur plaque de gélose MacConkey au sorbitol a donné un STEC O157: H7 même si l’EIA Stx était négatif. Les génotypes stx et les caractéristiques de la maladie associée sont fournis dans le Tableau supplémentaire 4h Défini comme patients dont les selles étaient cytotoxiques positives; les caractéristiques des génotypes dans les spécimens positifs individuels et les sujets correspondants sont fournies dans le tableau supplémentaire 3i Défini comme isolats positifs pour les loci aatA et / ou aggR par réaction de polymérisation en chaîne; Les caractéristiques des génotypes des colonies positives et des sujets correspondants sont fournies dans le tableau supplémentaire 2j 174 organismes ont été détectés chez 157 patients. Les sujets ont présenté 2 organismes d’intérêt dans leurs selles: toxine C et rotavirus n = 4, rotavirus et astrovirus n = 2, rotavirus et CEEA n = 2, toxine C difficile et adénovirus, toxine C difficile et norovirus 1, toxine C difficile et norovirus 2, adénovirus et astrovirus, adénovirus et rotavirus, STEC O26: H11 et rotavirus, S sérovar Typhimurium et rotavirus, Shigella sonnei et EAEC, et STEC O111: non mutilé et S sérovar Brandenburg n = 1 chaque paire ViewAn Large moyenne de 292 colonies par sujet médian 3, gamme 0-3 ont été testés pour les 2 loci CEEA EAEC de 4 cas et 2 contrôles contenaient les deux loci , tandis que CEEA de 4 cas et 2 contrôles contenait l’un ou l’autre locus Tableau complémentaire 2 Les phénotypes d’adhérence d’EAEC variés et inclus non adhérent, peu et densément adhérent Figure 1 Les phénotypes d’adhérence sont corrélés avec le statut du sujet témoin ou non, ou du génotype EAEC, et varient même entre EAEC chez les mêmes individus. Toutes les EAEC étaient positives pour la cytotoxine difficile. et contrôles aOR: 09, IC: 4-2 Les estimations ponctuelles n’ont pas significativement changé lorsqu’elles ont été ajustées pour un historique de données d’utilisation d’antibiotiques non montrées, mais ont augmenté en ampleur lorsqu’elles se limitaient à des ensembles de sujets âgés de plus d’un et trois ans. : 17 [IC: 5-54] et 42 [CI: 7-254], respectivement des preuves PCR de C difficile étaient manquantes, à savoir, les échantillons étaient négatifs pour CD16S dans un cas et un selles de contrôle qui ont été test de cytotoxicité positive Chacun des 22 cytotoxines -les échantillons négatifs provenant des contrôles correspondant aux cas positifs aux cytotoxines étaient négatifs pour CD16S Sur les 12 cas et 27 témoins dont les selles cytotoxiques-positives contenaient une confirmation par PCR de la présence de C difficile e, 3 25% et 2 74% contenaient un hypervirulent C difficile la deletion tcdCSeulement 1 cas, une fillette de 4 ans qui a été évaluée pour 4 jours de diarrhée suite à un voyage au Honduras, a été infectée par un parasite Cryptosporidia, alors que 16 les sujets témoins ont produit des selles avec des parasites Les adénovirus ont été identifiés dans la même proportion de cas et de témoins que les CEEA, et les astrovirus étaient également associés au statut des cas mais les norovirus n’étaient pas présents dans les selles. selles de 174 cas et 69 témoins aOR, 129; CI, 79-212 Dix-sept cas et 6 témoins ont eu un tel microbe dans leurs selles aOR, 60; CI 24-151; Tableau 3 Seules 1 selles provenant d’un contrôle contenaient 3 organismes d’intérêt Cryptosporidia, adenovirus et EAEC

DISCUSSION

iarrhea Nos résultats ne démontrent pas plus qu’une tendance à l’association, et seulement chez les enfants de plus de 36 mois Néanmoins, chacun des 6 cas dont les selles contenaient de la cytotoxine C difficile mais aucun autre pathogène entérique a rapporté au moins 3 des symptômes suivants ou signes: sang visible ou mucus dans les selles, fièvre ou douleur abdominale, rendant vraisemblable le fait que C difficile a provoqué leur diarrhée. Il existe encore des données insuffisantes pour guider les cliniciens dans le traitement des enfants symptomatiques dont les selles contiennent du C difficile. une question importante, car les enfants pourraient bien être des réservoirs communautaires de cet agent pathogène, y compris des souches hypervirulentes, et être encore plus infectieux s’ils ont la diarrhée Bien que nous ayons trouvé une bonne corrélation entre le test de cytotoxicité et la difficile dans les spécimens restent insaisissables [31] Malgré l’expansion des tests pour inclure des agents non recherchés dans Dans le précédent projet EAEC et les norovirus, les causes de près d’un tiers des cas de diarrhée restaient indéterminées, bien qu’il soit possible que le recours à la technologie EIA pour les agents viraux sous-estimait leur présence. Nos données illustrent la difficulté d’attribuer la pathogénicité microbienne Dans les cas les plus frappants, Giardia et Cryptosporidia étaient plus fréquemment identifiés dans nos contrôles que dans nos cas, et même STEC O157: H7 n’était pas statistiquement associé au statut des cas. Le petit nombre de cas positifs a sans aucun doute contribué à notre incapacité à attribuer la pathogénicité Il est possible que certains pathogènes candidats, tels que Dientamoeba fragilis, n’aient été trouvés dans aucun des deux groupes, de sorte que nos données ne peuvent éclairer le débat concernant leur pathogénicité maux de tête et migraine. [32] Affectation catégorielle actuelle / absente aux microbes pourraient ne pas peser de manière adéquate les facteurs qui incrimineraient ces organismes comme des agents pathogènes lorsqu’ils sont trouvés n cas ou les disculper lorsqu’ils se trouvent dans les contrôles Les facteurs non pris en compte dans les résultats présents / absents comprennent l’immuno-allergie de l’hôte vis-à-vis de l’acquisition de pathogènes spécifiques et ensuite la maladie; densité microbienne dans l’analyte, comme cela a été noté avec E coli entéropathogène [33]; présence et expression de gènes codant pour des facteurs de virulence par le pathogène putatif dans l’hôte; Pour la CEEA, cependant, le dénombrement microbien n’est pas si simple, car les locus déterminants sont contenus sur des plasmides à nombre de copies variable, ce qui entrave les tentatives de détermination de la densité de l’organisme par masse de selles. , les nombres moyens de colonies positives par EAEC-excrétant les cas 24 et les contrôles 28 étaient similairesNous sommes également limités par notre dépendance diagnostique sur les réactifs disponibles qui ciblent les pathogènes « établis » Agnostiques et de nouvelles approches technologiques à la découverte et l’identification des pathogènes sont nécessaires pour mieux identifier les causes de la diarrhée Un exemple pour éclairer l’étiologie de la diarrhée est le séquençage de masse, qui a identifié plusieurs virus diarrhéiques candidats dans les selles infantiles [34-38] Étendre les bases de données microbiennes, développer des outils de dénombrement plus sophistiqués que oui / non et en tenant compte de la réponse de l’hôte à la présence ou à l’absence de l’agent Avancera nos capacités à confirmer ou à réfuter la virulence Jusqu’à ce que ces nombreux problèmes de conception et d’analyse cas-témoins puissent être résolus, il semblerait que les épidémies resteront le meilleur moyen d’établir la pathogénicité des organismes diarrhéiques candidats.Enfin, la présence de virus diarrhéiques, de parasites, de CEEA, et C difficile incluant des souches potentiellement hypervirulentes dans de nombreuses selles témoins, parfois plus fréquemment que chez les spécimens, soulève la possibilité que les futures stratégies de contrôle et les efforts de modélisation doivent tenir compte des réservoirs communautaires de ces agents [39] Certaines maladies diarrhéiques aiguës chez les enfants sont probablement causées par le C difficile, mais nous doutons que le C difficile produisant des cytotoxines justifie toujours un traitement lorsqu’elles se retrouvent dans la diarrhée. cas de diarrhée aiguë Cette étude cas-force de l’étude Dans certains cas, certains STEC non-O157: H7 sont pathogènes, mais montrent à nouveau la prédominance du sérotype O157: H7 dans un contexte de haute acuité et la supériorité du dépistage SMAC sur cet agent pathogène. Enfin, l’excrétion asymptomatique de C difficile, Cryptosporidia souligne la nécessité d’identifier les facteurs et processus hôtes et microbiens qui différencient le portage asymptomatique du pathogénicité et pourrait avoir des implications sur la transmission. Le taux élevé de portage pose également des difficultés lors de l’utilisation d’études cas-témoins pour confirmer ou infirmer la pathogénicité du candidat. agents diarrhéiques

Remarques

Remerciements Nous remercions les sujets et leurs familles, les infirmières et les médecins du service des urgences de l’Hôpital pour enfants de SCHL, le personnel du laboratoire de microbiologie SCH pour son aide dans ce projet complexe, Tara Sweeney pour l’assistance technique, Dako pour fournir les kits de détection des virus à prix réduit, Ariana Jasarevic et Helen Odle pour l’aide à la préparation des manuscrits, les Drs James Nataro et Paul Orndorff pour le don des souches EAEC O42 et ORN172, respectivement, et le Dr Lars Westblade pour l’examen du manuscrit. Nous remercions particulièrement le réseau des contrôles communautaires et leurs familles. Soutien financier Cette étude a été financée par le Département américain de l’agriculture, la subvention NRI 0202238 au PIT et les noyaux de morphologie et de biobanque de l’École de médecine digestive de l’Université de Washington. Recherche sur les maladies Core Center P30DK052574 Virus Dako n’a eu aucun rôle dans la conception de l’étude ou la préparation des manuscrits Conflits d’intérêts potentiels Tous les auteurs: Aucun conflit signalé Tous les auteurs ont soumis le formulaire ICMJE pour la divulgation des conflits d’intérêts potentiels Conflits que les rédacteurs considèrent pertinents pour le contenu du manuscrit ont été divulgués

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